爱荷华州40个猪场地下水地方性猪病原体监测数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.15482/usda.adc/28665137.v1

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本观察性研究采用死端超滤法从爱荷华州40家养猪场的私人水井采集地下水样本，并通过定量聚合酶链反应（qPCR）进行分析，以评估地方性猪病原体和猪粪标记物的污染情况。这些数据有助于研究地下水作为养猪场生物安全风险的问题。每个养猪场采样一次。20家养猪场于2024年春季采样（2024年4月15日至2024年5月29日），20家养猪场于2024年秋季采样（2024年9月16日至2024年10月29日）。样本体积为639–853 L（均值=759）。每个现场样本均在现场采集对照样本，若相应现场样本对任何生物体检测呈阳性，则对对照样本进行所有生物体检测。样本在冰上运送至实验室，在实验室进行反冲洗、二次浓缩，并保存于-80摄氏度。

对二次浓缩样本进行二次抽样，使用QIAGEN QIAcube Connect系统进行核酸提取，每份核酸提取物使用Roche LightCycler 480 II通过qPCR进行双份平行检测，检测以下微生物：隐孢子虫属、肠致病性大肠杆菌、猪圆环病毒2型、猪流行性腹泻病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、C组轮状病毒、沙门氏菌属、猪源拟杆菌目（2项qPCR检测）以及猪流感病毒。在浓缩、核酸提取、逆转录和qPCR等实验室步骤中均设置了阴性和阳性对照。对每份核酸提取物评估了PCR抑制情况，必要时通过稀释予以缓解。除非另有说明，数据以每升所采地下水的基因组拷贝数表示。数据集包含1个电子表格文件：Dataset 01102025_V4.csv。该文件中的变量在随附的数据字典中进行了说明。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。