中国99例COPD患者与36例健康人痰液宏基因组数据集

该数据集来自 omicsdi.org,收录了中国 99 例 COPD 患者与 36 例健康个体的痰液宏基因组样本,主题标签为 Genomics

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基因组分类Genomics
d13df4cc-7af9-4c8d-b582-19da6a8c089b - samples

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-12

资源简介

中国99例COPD患者与36例健康人痰液宏基因组数据集

该数据集收录了中国地区慢性阻塞性肺疾病(COPD)患者与健康个体的痰液宏基因组样本,英文名称为 d13df4cc-7af9-4c8d-b582-19da6a8c089b - samples,来源站为 omicsdi.org,本站分类归入呼吸系统疾病 / 其他,主题标签为 Genomics。根据源站描述,该数据集包含来自 99 例 COPD 患者和 36 例健康个体的痰液宏基因组,样本采集地为中国。整体来看,它属于以宏基因组学手段研究呼吸系统疾病的微生物组数据集,可用于比较 COPD 患者与健康人群痰液微生物群落的组成差异,为呼吸系统疾病的微生态研究提供基础数据资源。

【数据集背景】

慢性阻塞性肺疾病是一种以持续气流受限为特征的常见呼吸系统疾病,其发生发展除与吸烟、环境暴露等因素相关外,呼吸道微生物群落的改变也被认为可能参与疾病进程。痰液作为下呼吸道样本的一种可及来源,能够反映气道内的微生物组成,因此常被用于呼吸系统疾病的微生物组研究。该数据集正是围绕这一研究方向构建,聚焦中国人群,纳入 COPD 患者与健康个体两类对象,通过宏基因组测序手段获取痰液样本中的微生物遗传信息,为探索 COPD 与气道微生态之间的关系提供数据支撑。其主题标签为 Genomics,本站分类为呼吸系统疾病 / 其他,来源站为 omicsdi.org。

【数据内容】

该数据集的核心内容是痰液宏基因组数据。根据源站描述,样本来自 99 例 COPD 患者和 36 例健康个体,合计构成两组对照的样本集合。宏基因组数据通常涵盖样本中全部微生物的遗传物质信息,可用于分析微生物群落的物种组成、相对丰度以及潜在功能特征。该数据集以“samples”为标识后缀,表明其以样本为单位组织数据。除上述样本数量与疾病分组信息外,关于测序平台、读长、数据量、文件格式、注释信息等具体技术细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 omicsdi.org。源站描述明确指出,样本采集对象为中国的 99 例 COPD 患者与 36 例健康个体,样本类型为痰液,研究类型为宏基因组。由此可知,该数据集的地理来源为中国,研究对象为中国人群。关于具体的采样机构、采样时间、采样地点、伦理审批信息以及样本纳入与排除标准等,源站未提供。

【适用场景】

基于其样本构成与数据类型,该数据集适用于呼吸系统疾病相关的微生物组研究场景。例如,可用于比较 COPD 患者与健康个体痰液微生物群落的差异,探索与疾病状态相关的微生物类群;也可作为中国人群呼吸道宏基因组研究的参考数据,用于方法学验证、跨数据集比较或荟萃分析中的一部分。此外,在微生物组与宿主健康关系的研究中,该数据集可作为呼吸系统疾病方向的样本资源。需要说明的是,具体适用场景受限于源站所提供的信息范围,关于数据是否可直接用于临床诊断或预测建模,源站未提供相关说明。

【使用方法】

该数据集以样本为单位进行组织,标识中包含“samples”字样。使用者通常需要从来源站 omicsdi.org 获取该数据集,并依据其提供的样本信息区分 COPD 组与健康对照组,进而开展宏基因组分析。关于数据的具体下载方式、文件组织格式、是否提供原始测序数据或处理后数据、是否需要特定分析流程或工具等信息,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集的样本量明确,包含 99 例 COPD 患者与 36 例健康个体,两组样本数量并不均衡,健康对照相对较少。样本来源限定为中国人群,其结论外推至其他人群时需谨慎。关于数据质量指标,如测序深度、覆盖度、污染控制、批次效应、样本重复性等,源站未提供。关于数据是否存在缺失、是否经过质量控制或标准化处理,源站亦未提供。因此,使用者在利用该数据集时,应结合自身研究目的评估其适用性。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、原始文献、作者信息、发表期刊以及数据使用许可协议等内容,源站未提供。使用者如需引用或再利用该数据集,应前往来源站 omicsdi.org 查询相关说明,并遵循其发布的使用条款与许可要求。

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数据集获取

源站:https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001009063

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
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    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

This dataset contains the sputum metagenome from 99 COPD patients and 36 healthy individuals in China.

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