基于PCR的无提取唾液与鼻咽拭子SARS-CoV-2检测一致性数据集

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A34e53b7f362e0f7f468a3759ced284619daf8a93520630a3ba4c38a1b569ea98

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

引言：唾液是检测严重急性呼吸综合征冠状病毒2型（SARS-CoV-2）的一种侵入性较小的替代方法，可替代鼻咽拭子（NPS）。SalivaDirect是一种无需核酸提取即可检测唾液样本中SARS-CoV-2的方法。评估金标准NPS与新开发的SalivaDirect方案一致性的研究有限。本研究旨在评估SalivaDirect作为COVID-19检测替代方法的价值。方法：对分别从医院和大学环境中招募的有症状（n=127）和无症状（n=181）参与者队列的配对NPS和唾液样本进行分析。从NPS中提取RNA，而唾液样本则在RT-qPCR分析前采用SalivaDirect方案处理。分别使用RdRP和N1基因靶标评估NPS和唾液中SARS-CoV-2的存在。结果：总体而言，与配对的NPS样本相比，唾液的敏感性为94.3%（95% CI 87.2-97.5%），特异性为95.9%（95% CI 92.4-97.8%）。

一致性分析显示，唾液检测相对于鼻咽拭子（NPS）的总体准确率为95.5%，两组标本之间的一致性水平极高（κ系数=0.889，95%CI 0.833–0.946）。308份样本中有14份结果不一致，均来自有症状患者。14份中有13份的Ct值>30，14份中有6份的Ct值>35。匹配的NPS与唾液样本的Ct值未发现显著差异（p=0.860）。一致阳性的唾液与NPS标本的Ct值之间也存在高度显著的相关性（r=0.475，p<0.0001）。结论：按照SalivaDirect方案处理的唾液是检测SARS-CoV-2的有效方法。侵入性更小且准确的唾液筛查是当前基于NPS的检测方法的有吸引力的替代方案，并将为检测无症状人群提供更大的能力，尤其是在频繁检测的背景下。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。