2009年甲型H1N1流感感染小鼠、猕猴和猪急性宿主反应的比较转录组分析（猪数据集）

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-40847

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：2009年甲型H1N1流感病毒源于猪，并迅速成为全球重大的健康威胁。在小鼠、非人灵长类动物和猪的感染模型中，pH1N1病毒能在肺部高效复制并诱导促炎性宿主反应；然而，不同独立感染模型中pH1N1病毒所影响的细胞通路是否相似或不同，仍有待进一步明确。为此，我们对小鼠、猕猴和猪肺部针对单一pH1N1流感病毒A/California/04/2009（CA04）的急性宿主反应进行了比较转录组学分析。结果：尽管临床病程相似，但我们观察到所有三个物种中引发的炎症分子及其基因表达变化动力学存在差异。控制促炎和代谢过程的维甲酸X受体（RXR）信号通路在各物种感染期间受到差异性调控，尽管各物种中异二聚体RXR伙伴、通路相关信号分子及基因表达模式有所不同。

结论：通过比较临床和病毒学指标背景下的转录变化，我们在独立的急性感染模型中识别出了宿主对pH1N1病毒转录反应的差异。抗病毒耐药性和新流感病毒的出现使人们更加关注开发靶向免疫系统的药物。在明显的临床疾病之下，存在分子事件，这些事件表明在一个宿主中确定的治疗靶点可能在另一个宿主中并不适用。本实验的目的是利用全局基因表达谱分析来了解猪肺宿主对2009年甲型H1N1流感大流行毒株A/Californica/04/2009（CA04）病毒感染的反应，并比较不同物种间的急性宿主反应。四周龄杂交猪（Sus Scrofa）经气管内接种10^6 TCID50/头的鸡胚来源2009年甲型H1N1流感大流行病毒

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。