基本信息

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基因组

任务类型

分类

创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJNA1537757：儿童支气管炎与肺炎配对鼻咽与气管吸出物微生物群

该数据集为 NCBI BioProject 收录的一项微生物组研究项目，编号 1537757，英文标题为“From intubation to extubation: paired nasal and tracheal-aspirate microbiota in paediatric bronchiolitis and pneumonia”。从标题可以看出，该项目的核心内容是针对儿童支气管炎与肺炎患者，在插管至拔管这一临床过程中，配对采集鼻腔与气管吸出物样本，并对其中微生物群进行分析。项目主题标签为“Raw sequence reads”，表明其数据以原始测序读长为主。本站将其归入呼吸系统疾病 / 肺炎分类，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。整体而言，该数据集围绕儿童下呼吸道感染期间的微生物群动态展开，具有明确的临床与微生物组学交叉研究属性。

【数据集背景】

该项目来自 NCBI BioProject 数据库。BioProject 是围绕某一项单一研究计划而汇集生物数据的集合，这些数据可来自单一机构或联合体。BioProject 记录为用户提供一个统一入口，以便找到该项目所产生的多种数据类型。该项目的标题明确指向儿童支气管炎与肺炎，并强调从插管到拔管的过程，以及鼻腔与气管吸出物微生物群的配对关系。本站分类将其归入呼吸系统疾病 / 肺炎，说明该数据集在应用层面与肺炎等呼吸系统感染的研究相关。

【数据内容】

该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，说明其包含的数据类型为原始测序读长。项目标题表明研究对象为儿童支气管炎与肺炎患者，样本类型包括鼻腔与气管吸出物，并且强调“配对”设计，即在插管到拔管过程中采集的成对样本。关于具体样本数量、测序平台、读长长度、微生物分类单元、丰度统计或差异分析结果等细节，源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，属于 NCBI BioProject 数据库。项目标题描述了样本采集的临床场景：从插管到拔管，针对儿童支气管炎与肺炎患者，采集配对的鼻腔与气管吸出物。关于采集地点、采集时间跨度、受试者纳入排除标准、伦理审批信息、样本处理流程或测序建库方法等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与儿童呼吸系统感染、支气管炎与肺炎相关的微生物群研究。由于包含原始测序读长，可用于微生物组组成分析、鼻腔与气管微生物群的配对比较，以及插管至拔管过程中微生物群动态变化的探索。也可作为呼吸系统疾病 / 肺炎分类下的数据资源，用于方法验证、数据复用或与其他微生物组数据集的整合分析。关于具体的分析用途、临床诊断价值或治疗指导意义，源站未提供。

【使用方法】

该数据集来自 NCBI BioProject，用户可通过 BioProject 记录查找与该计划相关的多种数据类型。由于主题标签为“Raw sequence reads”，使用者可能需要按照 NCBI 相关流程获取原始测序数据，并进行后续生物信息学处理。关于具体的下载方式、数据格式、访问链接、分析工具或处理参数，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 记录，提供的是项目层面的入口信息，而非经过统一质控或标准化处理的分析结果。其数据内容以原始测序读长为主，使用前需要自行进行质量控制与生物信息学分析。关于数据完整性、测序深度、样本量、潜在批次效应、临床元数据完整度或任何质量评估指标，源站未提供。此外，该数据集仅涉及儿童支气管炎与肺炎的特定样本类型与临床过程，外推到其他人群或其他呼吸道疾病时需谨慎。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式、许可协议、使用限制或授权要求，源站未提供。使用者应参考 NCBI BioProject 记录及相关数据提交方的说明，以确认合适的引用与使用规范。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1537757

访问原始数据

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1537757

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含来自因严重细支气管炎或肺炎入住儿科重症监护病房的儿童的配对鼻拭子和气管吸出物的细菌16S rRNA基因扩增子测序数据。样本在插管时采集，并在可能的情况下于拔管时再次采集，从而提供了配对的上下气道样本以及一个较小的纵向组成部分。该研究调查了严重儿科呼吸道感染期间上下气道细菌群落之间的关系，并探讨了这些群落在早期临床恢复期间如何变化。儿童于2017年5月至2019年9月期间在新西兰奥克兰的Starship儿童医院招募。使用Illumina MiSeq平台对细菌16S rRNA基因的V3-V4区域进行了测序。

该数据集包含来自16名儿童的37份生物样本，其中包括18份鼻拭子、19份气管吸出物以及17对同期采集的鼻-气管配对样本。这些数据有助于研究气道微生物群落组成、鼻部与气管群落之间的解剖学差异、儿童上-下气道对应关系，以及插管与拔管之间的微生物群变化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别