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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

肺炎克雷伯菌噬菌体抗性突变株与野生型NUHL30457转录组数据

PRJNA1501910 数据集聚焦于肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae）对噬菌体抗性的转录组研究。噬菌体抗性是噬菌体疗法用于对抗肺炎克雷伯菌感染时面临的主要障碍。该数据集以野生型亲本菌株 NUHL30457 为基础，通过噬菌体感染筛选获得三株噬菌体抗性突变株 KpR30、KpR32 和 KpR33，并对这些菌株开展 RNA-seq 测序，以探索与细菌噬菌体抗性相关的差异基因表达。数据集收录的是转录组测序的原始序列读段（Raw sequence reads），来自 NCBI 站点，归类于呼吸系统疾病 / 肺炎方向。整体而言，该数据集为揭示肺炎克雷伯菌噬菌体抗性的分子调控机制提供了转录组层面的数据基础，可供关注细菌抗性机制、噬菌体疗法以及呼吸系统感染研究的人员参考使用。

【数据集背景】

噬菌体疗法是应对肺炎克雷伯菌感染的一种潜在策略，而噬菌体抗性的出现是这一疗法应用中的主要障碍。为理解抗性产生的分子基础，相关研究从野生型亲本菌株 NUHL30457 出发，通过噬菌体感染筛选获得了三株噬菌体抗性突变株 KpR30、KpR32 和 KpR33，并对野生型与抗性突变株进行 RNA-seq 测序，比较差异基因表达，从而探索与噬菌体抗性相关的基因表达变化。该数据集正是这一研究思路下产生的转录组测序数据集合，其研究背景属于肺炎克雷伯菌感染与噬菌体抗性机制的交汇领域，本站将其归类于呼吸系统疾病 / 肺炎方向。

【数据内容】

该数据集的主题标签为 Raw sequence reads，即转录组测序产生的原始序列读段。数据覆盖的对象包括野生型菌株 NUHL30457 以及三株噬菌体抗性突变株 KpR30、KpR32、KpR33，共计四个菌株样本的转录组测序原始数据。这些数据可用于后续的差异基因表达分析，以比较抗性突变株与野生型菌株在转录水平上的差异。除上述菌株构成与数据类型的描述外，源站未提供关于数据量、读段长度、测序平台、文件数目等更具体的信息。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov）。三株噬菌体抗性突变株 KpR30、KpR32、KpR33 是通过噬菌体感染筛选的方式，从野生型亲本菌株 NUHL30457 中获得的。研究对上述菌株进行 RNA-seq 测序，以获取转录组原始序列读段。关于样本采集的具体时间、地点、培养条件、测序平台与试剂等实验细节，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于肺炎克雷伯菌噬菌体抗性机制的研究场景，可用于比较噬菌体抗性突变株与野生型菌株之间的差异基因表达，进而探索与抗性相关的分子调控机制。同时，对于关注噬菌体疗法中细菌抗性问题的研究，该转录组数据可作为分析抗性相关表达变化的素材。此外，由于本站将其归类于呼吸系统疾病 / 肺炎方向，相关数据也可为肺炎克雷伯菌感染的基础研究提供转录组层面的参考。关于该数据集在其他具体应用场景中的适用性，源站未提供。

【使用方法】

该数据集以原始序列读段的形式提供，使用者通常需要先对原始读段进行质量控制与预处理，再开展序列比对与表达量计算，进而进行差异基因表达分析，以比较抗性突变株 KpR30、KpR32、KpR33 与野生型菌株 NUHL30457 之间的转录差异。具体的分析流程、参数设置以及推荐工具，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为转录组测序的原始序列读段，使用前需自行完成质控与后续分析处理。数据仅涉及野生型菌株 NUHL30457 与三株噬菌体抗性突变株 KpR30、KpR32、KpR33，样本构成有限。关于测序深度、数据质量评估指标、重复设置以及潜在偏差等信息，源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI（ncbi.nlm.nih.gov），其引用方式与许可条款源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1501910

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当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1501910

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

噬菌体抗性是针对肺炎克雷伯菌的噬菌体疗法的主要障碍。本研究通过噬菌体感染筛选，从野生型亲本菌株NUHL30457中获得了三株噬菌体抗性突变株（KpR30、KpR32、KpR33），并进行了RNA-seq以探究与细菌噬菌体抗性相关的差异基因表达。该数据集提供了转录组数据，用以揭示肺炎克雷伯菌噬菌体抗性的分子调控机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别