PRJNA1365031:儿童肺炎支原体肺炎TCR Beta CDR3免疫组库

该数据集来自NCBI,对206例儿童肺炎支原体肺炎患者外周血T细胞受体beta CDR3免疫组库进行测序分析,揭示多样性降低、T细胞克隆扩增及V(D)J重排特征改变的免疫格局,并识别肺炎支原体相关克隆型及潜在交叉反应候选,可用于感染特异性T细胞反应研究与候选免疫生物标志物探索(来源 ncbi.nlm

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基因组分类Raw sequence reads
PRJNA1365031: TCR Beta CDR3 Repertoire in Pediatric Mycoplasma pneumoniae Pneumonia

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-22

资源简介

PRJNA1365031:儿童肺炎支原体肺炎TCR Beta CDR3免疫组库

PRJNA1365031 数据集聚焦儿童肺炎支原体肺炎(Mycoplasma pneumoniae pneumonia,MP)患者外周血中 T 细胞受体 beta 链 CDR3 免疫组库的测序分析,收录 206 例儿童患者的 TCR Beta CDR3 组库数据。该数据集从免疫组库层面刻画 MP 感染期间 T 细胞免疫格局的重塑,表现为多样性降低、T 细胞克隆扩增以及 V(D)J 重排特征改变,并进一步识别肺炎支原体相关克隆型,其中包括对常见呼吸道病毒具有潜在交叉反应性的候选克隆型。数据以原始测序读长(Raw sequence reads)形式提供,来源于 NCBI,归入呼吸系统疾病 / 肺炎分类,可为感染特异性 T 细胞反应机制研究和候选免疫生物标志物探索提供数据资源。

【数据集背景】

肺炎支原体是儿童社区获得性肺炎的常见病原之一。感染过程中,T 细胞介导的适应性免疫应答在病原清除与免疫病理损伤中均发挥重要作用,而 T 细胞受体(TCR)β 链 CDR3 区域决定了抗原识别的特异性,其组库构成能够反映机体针对特定病原的克隆选择与扩增状态。该数据集正是围绕儿童 MP 患者外周血 TCR Beta CDR3 组库展开,旨在从免疫组库角度揭示 MP 感染后 T 细胞免疫景观的重构特征,并寻找与肺炎支原体感染相关的克隆型标志,为理解儿童 MP 的免疫应答规律提供基础数据。

【数据内容】

数据集的核心内容为 206 例儿童肺炎支原体肺炎患者外周血的 TCR Beta CDR3 免疫组库测序数据,主题标签为原始测序读长(Raw sequence reads)。基于这些数据可以获得的组库层面信息包括:TCR Beta CDR3 组库的多样性变化(表现为多样性降低)、T 细胞克隆的扩增情况(表现为克隆扩增),以及 V(D)J 重排特征的改变。数据还支持识别肺炎支原体相关克隆型,并从中筛选出可能与常见呼吸道病毒发生交叉反应的候选克隆型。上述内容共同构成了一套可用于刻画 MP 感染相关 T 细胞免疫格局的组库资源。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov),数据集标识为 PRJNA1365031。样本类型为儿童肺炎支原体肺炎患者的外周血,样本量为 206 例儿童患者。数据以原始测序读长形式组织,属于呼吸系统疾病 / 肺炎分类下的免疫组库测序资源。除上述来源与样本信息外,源站未提供更详细的采样时间、地点、测序平台及建库流程等信息。

【适用场景】

该数据集适用于以下研究方向:其一,儿童肺炎支原体肺炎感染过程中 T 细胞免疫应答的特征分析,包括组库多样性、克隆扩增与 V(D)J 重排模式的比较研究;其二,肺炎支原体相关克隆型的鉴定及其与疾病状态关联的探索;其三,针对潜在交叉反应性克隆型的分析,为理解 MP 感染与常见呼吸道病毒免疫交叉提供线索;其四,候选免疫生物标志物的筛选与验证研究;其五,作为感染特异性 T 细胞反应研究的参考组库资源,用于与其他呼吸道感染或健康儿童 TCR 组库数据的对照分析。

【使用方法】

使用者可依据数据集标识从 NCBI 获取原始测序读长,随后按照 TCR Beta CDR3 组库分析的一般流程进行质量控制、CDR3 序列识别、克隆型聚类与多样性统计,并开展 V(D)J 重排特征分析、克隆扩增分析以及肺炎支原体相关克隆型和潜在交叉反应候选克隆型的识别。具体分析流程、参数设置与配套元数据,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于 206 例儿童患者外周血样本,样本来源明确、主题集中,适合组库层面的群体分析。但源站未提供测序深度、质控指标、临床分组信息及验证实验结果等细节,相关质量参数与结论的普适性需结合原始数据自行评估。此外,数据仅覆盖 TCR Beta CDR3 组库,不包含其他免疫指标信息。

【引用与许可】

该数据集来自 NCBI,数据集标识为 PRJNA1365031。引用方式与使用许可条款源站未提供,使用前应查阅 NCBI 相关页面确认。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1365031

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集刻画了206例肺炎支原体肺炎(MP)患儿外周血中T细胞受体β链CDR3免疫组库的特征。研究揭示了以多样性降低、T细胞克隆扩增及V(D)J重排特征改变为特点的重构性T细胞免疫格局。数据进一步鉴定了肺炎支原体相关克隆型,其中包括对常见呼吸道病毒具有潜在交叉反应性的候选克隆,为研究儿童MP感染特异性T细胞应答及候选免疫生物标志物提供了资源。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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