利用呼出气冷凝液生物标志物无创诊断侵袭性肺曲霉病

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT04358419

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

疾病：曲霉病肺炎、肺孢子菌肺炎。背景：寻找生物标志物以增强和改善PA诊断的研究正在进行中，主要集中在血液和支气管肺泡灌洗(BAL)液中检测的标志物。在本研究中，研究者将探讨呼出气冷凝液是否为诊断PA的有用来源，无论是通过现有方法（即聚合酶链反应(PCR)检测曲霉DNA）还是通过蛋白质组分析。然而，之前从未在EBC中进行过曲霉DNA的提取。在这项初步研究中，研究者将探讨是否可能从已证实患有肺孢子菌肺炎患者的EBC中纯化肺孢子菌DNA，这既因为肺孢子菌肺炎的诊断测试更为敏感和特异，也因为肺孢子菌肺炎比PA更为常见。研究者将保留PA患者的EBC样本用于本研究中蛋白质分析。此前没有研究探讨过EBC蛋白质分析作为PA感染诊断工具的潜力。

在这项初步研究中，研究者将检测经证实/很可能/可能的PA患者呼出的EBC中是否存在曲霉菌蛋白。方法：本研究将比较经证实、很可能或可能的肺曲霉菌（PA）感染患者，疑似PA感染但常规诊断检查排除PA的患者，以及阴性对照，即在奥尔堡大学医院血液科、感染病科、呼吸科和心胸外科门诊接受良性/惰性疾病诊断检查且不怀疑PA、年龄（相差10岁以内）和性别相同的患者，所采集的呼出气冷凝液（EBC）的蛋白质谱。主要结局，即EBC样本中特定蛋白质相对量的均值，将在评估后通过非配对t检验进行比较。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。