皮肤感染患者皮肤微生物群鉴定 (MICROBIOTA)

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT03985475

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

病情：皮肤感染。蜂窝织炎的特征是炎症以及皮肤和皮下组织的疑似感染。既往研究表明，活检和针吸等样本的检出率较低，约为16%。最常见的病原体是金黄色葡萄球菌和化脓性链球菌。传统培养方法存在局限性，例如无法检测苛养微生物，或受抗生素使用的影响。分子诊断方法，如检测16S核糖体DNA并进行扩增和焦磷酸测序，已被用于克服微生物培养的局限性。在最近的一项研究中，作者通过定量PCR、焦磷酸测序和传统培养，对感染部位和另一非感染部位的皮肤活检样本进行了研究，而非进行引流，以探讨急性蜂窝织炎的病因。PCR在约30%-40%的病例中鉴定出耐甲氧西林金黄色葡萄球菌，感染部位和非感染部位的频率相似。在另一项研究中，不仅褥疮中发现了R. felis，从健康皮肤采集的拭子中也发现了该菌，同时还发现了肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌和A组链球菌。

致力于通过培养等方式探索人类微生物群，我们提议扩展对感染科住院患者皮肤微生物群的认识。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。