代谢互作促进多微生物导管相关尿路感染模型中肠球菌持续存在的数据与代码

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A51483e70a4b788423016000f2cc90ad0df4a8c52d88b8c3a3c5c69eff1e05396

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

导管相关性尿路感染（CAUTI）占尿路感染（UTI）的70%~80%，并可导致不良结局。大多数CAUTI为多种微生物感染，其 resilient 群落尽管接受抗生素治疗和导管更换，仍能在较长时间内维持一致的物种组成。然而，促进其持续存在的机制尚不清楚。在此，我们研究了革兰阳性粪肠球菌与革兰阴性肺炎克雷伯菌之间的化学相互作用如何解释它们在长期留置导尿管上的高共现率。对来自多名同时感染粪肠球菌和肺炎克雷伯菌的人患者的纵向分离株进行序列分析显示，尽管频繁更换导管，在整个研究采集期间，导管仍被相同或几乎相同的菌株联合体重新定植。使用人工尿液培养基（AUM），单培养显示肺炎克雷伯菌分离株生长旺盛并形成……，在补充有K.的培养物中还检查了用条件培养基上清液培养时粪肠球菌在AUM中的生长和生物膜形成。

肺炎克雷伯菌或MRSA-1369条件化的AUM上清液。肺炎克雷伯菌或MRSA1369菌株首先在96孔微板的各孔中于AUM中培养24小时，汇集各孔中的生长物，然后过滤（Millipore Sigma，SLGPR33RB）以去除细菌细胞（1-3）。所得上清液（SaAUMSup、KpAUMSup）随后冻干，并以1：1的比例补充至新鲜粪肠球菌AUM中，用于微板和导管试验中的培养。RNA测序与比较转录组分析 采用RNA测序（RNA-seq）和比较转录组分析比较：i）粪肠球菌OG1RF在AUM中于存在或不存在来自TOP52条件化上清液的KpAUMSup的情况下培养9小时，以鉴定与生长相关的差异调控基因；以及ii）粪肠球菌OG1RF在补充有SaAUMSu的AUM中培养

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。