碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌呼吸道与血流感染的比较基因组学
该数据集来自对2021至2024年间282株碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌（CRKP）分离株（225株痰液、57株血液）的纵向基因组监测，包含8个补充文件，覆盖菌株群体结构、感染来源相关基因组适应及质粒演化等分析内容
基本信息
资源简介
碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌呼吸道与血流感染的比较基因组学
Comparative genomics of carbapenem resistance and virulence associated with respiratory tract and bloodstream infections in carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae
该数据集来自对2021至2024年间282株碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌（CRKP）分离株（225株痰液、57株血液）的纵向基因组监测，包含8个补充文件，覆盖菌株群体结构、感染来源相关基因组适应及质粒演化等分析内容。数据可用于比较呼吸道与血流感染分离株的耐药与毒力基因组特征、研究ST11等克隆的荚膜可塑性及质粒演化，并支撑CR-hvKP表型与耐药基因分布的进一步分析（来源 figshare，CC BY 4.0 许可）。
【数据集背景】
配套论文《Comparative genomics of carbapenem resistance and virulence associated with respiratory tract and bloodstream infections in carbapenem-resistant
Klebsiella pneumoniae》发表于 Virulence（2026），DOI：10.1080/21505594.2026.2716486。项目资助方：This work was supported by the National Natural Science Foundation of China [82502766 to WZ]. The funding source had no role in study design, data collection, data analysis, data interpretation, or writing of the manuscript.。源站首次发布：2026-08-13。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：肺炎克雷伯菌中耐药性与高毒力的趋同对全球健康构成严重威胁，但适应不同临床来源的基因组机制仍未被完全理解。我们对2021年至2024年间282株碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌（CRKP）分离株（225株痰液、57株血液）进行了纵向基因组监测，以刻画群体结构、来源相关基因组适应及质粒演化。ST11-CG258在队列中占主导（77.3%），61.3%的分离株表现出CR-hvKP表型。纵向分析揭示了ST11内显著的荚膜可塑性，其特征为从KL64/47向KL25的时间性转变以及高侵袭性ST16-KL51谱系的出现，而非ST11克隆则表现出高度的荚膜保守性。尽管blaKPC-2占主导，但blaOXA-181在血流分离株中富集，
【数据结构与技术规格】
文件数 8 个，合计 3.58 MB。数据集 DOI：10.6084/m9.figshare.33238129.v1。
【主题与分类】
源站学科分类：Medicine、Microbiology、Genetics、Biotechnology、Evolutionary Biology、Environmental Sciences not elsewhere classified。主题标签：hypervirulence、plasmids、genomic evolution、plasmid clusters。本站分类：呼吸系统疾病/肺炎。
【适用方向】
源站学科分类标注为 Medicine、Microbiology、Genetics、Biotechnology、Evolutionary Biology、Environmental Sciences not elsewhere classified。
【获取与许可】
源站页面：https://tandf.figshare.com/articles/dataset/Comparative_genomics_of_carbapenem_resistance_and_virulence_associated_with_respiratory_tract_and_bloodstream_infections_in_carbapenem-resistant_i_Klebsiella_pneumoniae_i_/33238129
使用许可：CC BY 4.0（https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/）。
规范引用：Comparative genomics of carbapenem resistance and virulence associated with respiratory tract and bloodstream infections in carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae. Taylor & Francis. Liu, Qian; Shen, Hong; Chen, Xi; Yang, Chunxia; Gu, Li; Yuan, Hui; et al
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源站：https://doi.org/10.6084/m9.figshare.33238129
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pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 3.6 MB。
数据说明
肺炎克雷伯菌中耐药性与高毒力性的趋同对全球健康构成严重威胁，然而其适应不同临床来源的基因组机制仍未被完全阐明。我们对2021年至2024年间282株碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌（CRKP）分离株（225株痰液来源，57株血液来源）进行了纵向基因组监测，以刻画种群结构、来源相关基因组适应及质粒演化。ST11-CG258在队列中占主导地位（77.3%），61.3%的分离株表现出CR-hvKP表型。纵向分析揭示了ST11内显著的荚膜可塑性，其特征为从KL64/47向KL25的时间性转变以及高侵袭性ST16-KL51谱系的出现，而非ST11克隆则表现出高度的荚膜保守性。尽管bla KPC-2占主导地位，bla OXA-181在血流分离株中富集，而三种bla NDM变体在呼吸道分离株中更常被检出。
比较基因组学分析发现，血流分离株中富集了归属于与能量产生和氨基酸转运相关的COG类别的基因，而痰液分离株则富集了参与DNA修复和插入序列的基因。对碳青霉烯耐药质粒的质粒聚类分析揭示了六个抗菌簇（Aclusters 1–6），在Acluster 1中鉴定出共携带bla KPC-2和关键毒力决定因子（iucABCD-iutA、rmpA、peg-344）的杂合质粒。高毒力质粒形成两个主要簇，其中Vcluster 2通过一段40kb的缺失（涵盖ter（碲抗性）操纵子及代谢相关基因）与Vcluster 1分化。这些发现提供了呼吸道和血流感染中CRKP的全面基因组特征，并支持基于基因组的监测，整合克隆谱系、荚膜型和质粒结构，以加强感染控制并促进对新发
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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