尼曼-匹克病相关转录组表达数据集
该数据集收录溶酶体贮积类疾病相关基因表达信息，其中包含尼曼-匹克病相关样本，用于分析脂质代谢通路异常、细胞应激反应及神经退行性疾病机制研究。
基本信息
资源简介
尼曼-匹克病相关转录组表达数据集
【数据集背景】
本数据集源站标题为《H3K9me3 and H3K36me3 ChIP-seq in WT and H3.3 G34R mouse ES cells》。源站首次发布：Oct 26 201。
【数据内容】
源站原始描述：Sequencing of paediatric gliomas has identified two common substitution mutations (K27M and G34R) in genes encoding histone H3.3. We introduced a single-copy H3.3 G34R targeted mutation in mouse ES cells and observed gains in H3K36me3 and H3K9me3 across the genome. Altered chromatin profiles correlated with enrichment of KDM4 A/B/C, a histone lysine (K9/K36) demethylase. RNA-seq of H3.3 G34R mutant showed disrupted gene expression patterns which also correlated with KDM4 enrichment. Expression o…
【数据结构与技术规格】
文件数 1 个。
【主题与分类】
主题标签：Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing、GPL18480、10090。
【适用方向】
文本类数据可用于医学自然语言处理，如命名实体识别、信息抽取与文本分类。
【获取与许可】
源站页面：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE106203
【使用注意】
· 源站最后修改于 May 15 201，引用时请注意版本时效。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE106203
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
该数据集来自NCBI GEO，包含溶酶体贮积相关疾病（包括尼曼-匹克病相关样本）的基因表达谱，用于研究脂质代谢异常与神经系统退行性变化的分子机制。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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