鼻腔甲基化组与儿童特应性哮喘

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-65163

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：鼻上皮正逐渐成为哮喘患者气道上皮基因表达的替代测量指标。我们假设表观遗传标记调控鼻上皮的基因表达，并因此可能为过敏性哮喘提供新的治疗靶点。方法：我们比较了持续性特应性哮喘的非裔美国儿童[N=36]与健康对照者[N=36]的基因组DNA甲基化模式和基因表达。结果在一个独立的哮喘人群[N=30]中进行了验证。结果：在调整年龄、性别、种族/民族、批次效应、膨胀效应和多重比较（错误发现率校正q<0.05）后，我们鉴定出186个具有显著甲基化变化的基因，这些变化表现为区域（差异甲基化区域[DMRs]）或单个CpG位点（差异甲基化探针[DMPs]）。差异甲基化的基因包括在哮喘和特应性中已确立作用的基因、细胞外基质成分、与免疫、细胞黏附、表观遗传调控和气道阻塞相关的基因。

甲基化变化幅度较大（中位数9.5%，范围：2.6-29.5%的甲基化变化），其程度与恶性肿瘤中观察到的变化相似。低甲基化和高甲基化基因分别与基因表达升高和降低相关（DMRs的P<2.8x10-6，DMPs的P<7.8x10-10）。对53个差异表达基因中甲基化-表达关系的定量分析表明，其中32个（60%）在基因5kb范围内具有显著（q<0.05）的甲基化-表达关系。基于与哮喘的相关性、甲基化变化幅度及哮喘特异性甲基化-表达关系筛选出的10个位点，在一个独立的哮喘儿童队列中得到了验证。结论：我们的研究结果表明，内城区儿童呼吸道上皮的表观遗传标记与过敏性哮喘相关，这为生物标志物的开发提供了新靶点，也为理解疾病提供了新方法。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。