PRJNA1422011：肺免疫细胞单细胞多组学分析鉴定新型哮喘风险基因与细胞类型特异性功能
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1422011），标题为肺免疫细胞单细胞多组学分析鉴定新型哮喘风险基因与细胞类型特异性功能
基本信息
资源简介
PRJNA1422011：肺免疫细胞单细胞多组学分析鉴定新型哮喘风险基因与细胞类型特异性功能
PRJNA1422011 是一个收录于 NCBI BioProject 数据库的生物学研究项目，其英文标题为“Single-cell multiomic profiling of lung immune cells identifies novel asthma risk genes and cell-type specific functions”，中文可译为“肺免疫细胞单细胞多组学分析鉴定新型哮喘风险基因与细胞类型特异性功能”。从标题可以看出，该项目聚焦于肺部免疫细胞，采用单细胞多组学技术开展研究，目标在于发现新的哮喘风险基因，并揭示这些基因在不同细胞类型中的特异性功能。该数据集在本站被归类于呼吸系统疾病下的哮喘方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，主题标签为“Other”。BioProject 作为生物数据集合的记录形式，为该项目所生成的不同类型数据提供了统一的查找入口。
【数据集背景】
哮喘是一种常见的呼吸系统疾病，其发病机制涉及遗传因素与免疫系统之间的复杂相互作用。肺部免疫细胞在哮喘的发生和发展中扮演重要角色，而单细胞多组学技术能够在单个细胞层面同时解析基因表达、表观遗传状态等多维度信息，从而更精细地刻画细胞异质性和基因调控关系。该 BioProject 项目正是基于这一背景，围绕肺免疫细胞展开单细胞多组学分析，试图从中识别此前未被发现的哮喘风险基因，并阐明这些基因在特定细胞类型中的功能。项目标题直接体现了这一研究目标，即“鉴定新型哮喘风险基因与细胞类型特异性功能”。
【数据内容】
该数据集的具体数据内容，源站未提供。根据 BioProject 的一般性质，一个 BioProject 记录会汇集与某一项研究计划相关的多种数据类型，但本项目实际包含哪些样本、测序数据、分析结果或辅助文件，现有信息中并未列出。因此，无法在此描述其数据文件的具体构成、数据量大小或数据格式。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，记录标识为 BioProject ID 1422011。BioProject 是由单一机构或联盟发起、围绕某一项研究计划所生成的生物数据的集合，其记录为用户提供统一入口，以便找到该项目产生的不同类型数据。除上述来源信息外，关于样本采集地点、采集时间、受试者信息、实验平台或具体实验流程等内容，源站未提供。
【适用场景】
基于项目标题所反映的研究方向，该数据集可能适用于与哮喘相关的肺部免疫细胞研究、单细胞多组学数据分析、哮喘风险基因的发现与验证，以及细胞类型特异性功能的探索等场景。然而，这些适用方向仅由标题信息合理引申，具体是否适合某一特定分析任务，需结合该 BioProject 实际关联的数据类型和内容来判断。关于该数据集明确支持的分析场景或推荐用途，源站未提供。
【使用方法】
关于如何下载、访问或使用该数据集，源站未提供具体说明。通常 BioProject 记录会提供指向其关联数据资源的链接，但本项目的实际访问方式、所需工具、分析流程或使用步骤，现有信息中并未涉及。
【质量与限制】
该数据集的质量指标、数据完整性、批次效应、样本量、技术偏差或验证情况等信息，源站未提供。因此，无法对其数据质量或使用限制做出具体评价。使用者如需评估其适用性，应直接查阅源站记录及其关联的原始数据说明。
【引用与许可】
该数据集的引用方式、许可协议、使用条款或授权要求，源站未提供。如需引用或使用，建议访问 NCBI BioProject 对应记录页面，查看其最新的引用与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1422011
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
与哮喘相关的遗传变异大多位于非编码区，因此识别其靶基因及细胞背景具有挑战性。血液免疫细胞类型的功能图谱有助于将哮喘风险变异与功能联系起来。然而，肺部免疫细胞与循环血液中的免疫细胞不同，且缺乏肺部免疫细胞的高分辨率功能基因组数据。在此，我们对肺和脾组织的淋巴细胞进行了单细胞多组学分析（RNA-seq和ATAC-seq）。跨组织比较显示，每种免疫细胞类型具有不同的转录组，但染色质可及性差异细微。随后，我们利用公共数据集评估了肺与血液开放染色质区域中哮喘风险的富集情况。引人注目的是，肺T细胞对成人发病型哮喘（AOA）和儿童发病型哮喘（COA）遗传力的贡献独特，超越了血液T细胞。我们进一步鉴定了43个可能贡献于哮喘风险的顺式调控元件（CRE）。利用从单细胞数据构建的增强子-基因图谱，我们确定了这些CRE的靶基因，包括CCR4和LRRC32，它们表现出细胞类型特异性的调控活性。
这些发现证明了单细胞多组学在识别哮喘风险基因并理解其细胞类型特异性功能方面的效用。总体设计：从9位已故捐赠者的肺和脾组织中提取单核。使用10x Genomics平台制备了联合的单核RNA测序和单核ATAC测序文库。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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