儿童呼吸研究与环境工作组(CREW)基因型数据集

BioProject 是与单一研究计划相关、源自单一组织或联合体的生物数据集合。BioProject 记录为用户提供一个统一位置,以查找为该计划生成的各种数据类型的链接

sra
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基因组分类呼吸系统疾病哮喘儿童呼吸健康基因型数据BioProject环境暴露
PRJNA1285002: Children’s Respiratory Research and Environment Workgroup (CREW) Genotype Dataset

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-20

资源简介

儿童呼吸研究与环境工作组(CREW)基因型数据集

PRJNA1285002 即 Children’s Respiratory Research and Environment Workgroup (CREW) Genotype Dataset,是一个与呼吸系统疾病和哮喘研究相关的生物项目数据集,收录于 NCBI 的 BioProject 数据库。该数据集围绕儿童呼吸研究与环境工作组这一研究计划组织,属于呼吸系统疾病/哮喘分类下的生物数据集合。BioProject 作为生物数据组织方式,用于汇集与单一研究计划相关的多种数据类型,并为用户提供统一入口,以便查找该计划所产生的各类数据链接。该数据集因此可作为了解 CREW 相关基因型数据及其关联生物信息的入口,服务于呼吸系统疾病特别是哮喘方向的研究人员。

【数据集背景】

该数据集对应 NCBI BioProject 数据库中的一条记录,编号为 1285002,英文名称为 Children’s Respiratory Research and Environment Workgroup (CREW) Genotype Dataset。其所属研究计划为儿童呼吸研究与环境工作组,主题聚焦于呼吸系统疾病与哮喘。BioProject 的设计目标是将与单一研究计划相关的生物数据集中组织起来,这些数据可以来自单一组织,也可以来自一个联合体。通过 BioProject 记录,用户可以在一处找到为该计划生成的不同类型数据的链接,而不必在多个分散资源之间反复检索。对于呼吸系统疾病和哮喘研究而言,这种组织方式有助于将基因型数据与同一研究计划下的其他生物数据关联起来。

【数据内容】

该数据集属于基因型数据集,名称中明确包含 Genotype Dataset,表明其内容与基因型数据相关。作为 BioProject 记录,它并不局限于单一数据类型,而是用于汇集与儿童呼吸研究与环境工作组这一研究计划相关的多种生物数据。源站描述指出,BioProject 记录为用户提供一个统一位置,以查找为该计划生成的各种数据类型的链接。因此,该数据集的内容组织方式是以项目为纲,通过链接指向该计划下生成的不同数据资源。关于该数据集具体包含哪些样本、位点、基因或表型信息,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov,即美国国家生物技术信息中心(NCBI)的 BioProject 数据库。其源站标题为“Children’s Respiratory Research and Environment Wo... (ID 1285002) - BioProject - NCBI”。BioProject 记录可以源自单一组织,也可以源自一个联合体;该数据集对应的研究计划为儿童呼吸研究与环境工作组。关于样本采集地点、采集时间、受试者招募方式、伦理审批信息以及具体测序或分型平台,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于呼吸系统疾病与哮喘相关的研究场景,尤其是需要查找儿童呼吸研究与环境工作组计划下基因型数据及其他关联生物数据的用户。研究人员可以通过该 BioProject 记录,定位该计划生成的不同数据类型链接,从而支持遗传学、呼吸系统疾病和哮喘方向的探索性分析。由于 BioProject 强调与单一研究计划相关的数据集合,该数据集也可用于了解该计划的整体数据组织方式,并作为获取相关数据资源的起点。关于该数据集是否适用于特定统计分析、临床决策或流行病学研究,源站未提供。

【使用方法】

用户可通过 NCBI BioProject 数据库访问编号为 1285002 的记录,即 PRJNA1285002。该记录提供统一位置,用于查找儿童呼吸研究与环境工作组计划生成的各种数据类型的链接。使用者可依据这些链接进一步访问该计划下的相关数据资源。关于下载方式、数据格式、访问权限、是否需要申请授权以及具体分析流程,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 记录,其核心作用是汇集与单一研究计划相关的生物数据并提供链接,而非直接呈现完整的实验细节或分析结果。源站描述未提供关于数据质量、完整性、准确性、样本量、覆盖范围或技术验证的信息。因此,使用该数据集时,应结合其指向的具体数据资源进行进一步评估。关于该数据集是否存在已知偏差、缺失或技术限制,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI BioProject,编号为 PRJNA1285002。关于该数据集的引用方式、许可条款、使用限制以及是否允许再分发,源站未提供。使用者应参考 NCBI BioProject 及该记录所链接的具体数据资源的相关政策。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1285002

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

CADRE的建立旨在通过汇集和协调多个哮喘和过敏研究中收集的数据,以支持未来的合作研究。在儿童呼吸与环境工作组(CREW)的势头和成就基础上,CADRE利用CREW现有的数据集启动。CREW的主要目标是识别儿童哮喘的表型——即根据自然史、触发因素、急性发作频率、共存的过敏、肺功能、性别等临床特征区分的不同亚型。CREW的研究参与者代表了从13个专注于哮喘的早期生活和出生队列研究中招募的全国多样性儿童和家庭队列。出生时,总合并研究…(更多内容见dbGaP研究页面。)

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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