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创建/更新时间

2026-10-20

资源简介

PRJEB23301：欧洲温血马严重马哮喘的eQTL发现及其关联

PRJEB23301 是一项围绕欧洲温血马严重马哮喘的 eQTL 发现及其关联展开的 BioProject 记录，源站标题为“Equus caballus (ID 421456) - BioProject - NCBI”，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。该数据集在本站归入呼吸系统疾病 / 哮喘分类，主题标签为“Other”。从整体定位看，它属于 NCBI BioProject 体系下的生物数据集合，服务于与马属动物呼吸系统疾病相关的遗传学研究，可用于呼吸系统疾病与哮喘相关研究。以下依据可获得的信息对该数据集作分段介绍。

【数据集背景】

该数据集的全称为“PRJEB23301: eQTL Discovery and their Association with Severe Equine Asthma in European Warmblood Horses”，指向欧洲温血马群体中严重马哮喘的 eQTL（表达数量性状位点）发现及其关联分析。BioProject 是与单一计划相关、源自单一组织或联盟的生物数据集合，其记录为用户提供单一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集即属于此类项目记录，围绕马（Equus caballus）这一物种展开，本站将其归入呼吸系统疾病 / 哮喘分类。

【数据内容】

依据源站标题与数据集名称，该项目的核心内容是 eQTL 的发现以及这些 eQTL 与欧洲温血马严重马哮喘之间的关联。BioProject 记录本身是生物数据的集合，用于汇集与单一计划相关的多种数据类型，并提供指向这些数据的链接。关于该项目具体包含哪些数据类型、样本数量、文件格式或数据规模，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov 的 BioProject 记录，源站标题标明物种为 Equus caballus（ID 421456）。BioProject 记录源自单一组织或联盟的单一计划，作为生物数据的集合对外提供访问入口。关于样本采集地点、采集时间、测序平台或具体研究机构等信息，源站未提供。

【适用场景】

该数据集围绕欧洲温血马严重马哮喘的 eQTL 发现及其关联展开，可用于呼吸系统疾病与哮喘相关研究。其 BioProject 属性使其适合作为查找该项目所产生多种数据类型的统一入口，便于研究者定位与马哮喘遗传关联分析相关的生物数据。关于更具体的适用分析类型或下游应用，源站未提供。

【使用方法】

BioProject 记录为用户提供单一位置，以查找与单一计划相关的多种数据类型所对应的链接。使用者可通过该记录访问项目关联的数据资源。关于具体的数据下载方式、访问协议或分析流程，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 BioProject 记录，其性质是生物数据的集合与索引入口，而非单一整合数据文件。关于数据质量评估指标、质控结果、完整性或已知偏差，源站未提供。使用时应注意其作为项目记录汇集多类数据的定位。

【引用与许可】

关于该数据集的引用方式与许可条款，源站未提供。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB23301

访问原始数据

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提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB23301

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

重度马哮喘，又称复发性气道阻塞（RAO），是一种使马衰弱、限制运动能力的阻塞性呼吸系统疾病，其表型与人类哮喘相似。我们在全基因组范围内搜索了基因型与基因表达加性变化之间的关联，即表达数量性状位点（eQTL）。我们分析了来自两个半同胞家系和一个无关队列的外周血单个核细胞（PBMC），这些细胞在四种条件下受到刺激：无刺激（MCK）、脂多糖（LPS）、重组圆线虫抗原（RCA）和干草粉尘提取物（HDE）。我们鉴定出了高置信度的eQTL，这些eQTL不违反线性建模假设，也不是由严重影响显著性的单个离群个体所致。平均而言，我们在PBMC的四种处理中鉴定出4347个高置信度eQTL，发现了两个反式调控热点，其调控的基因参与相关的生物学通路，并鉴定出与先前RAO相关疾病SNP紧密连锁的单核苷酸多态性（SNP），这些SNP调控地塞米松诱导蛋白（DEXI）的基因表达。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别