PRJEB16352：马哮喘血清miRNA数据集

数据集获取

源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB16352

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

miRNA调控基因的转录和/或翻译，并可被输出至细胞外。有研究提示，miRNA可能以类似激素的方式发挥作用，因此循环miRNA有望成为多种疾病的候选标志物。我们旨在识别马哮喘模型中血清miRNA表达的显著差异。我们使用来自35匹对照马和37匹哮喘马的血清RNA进行下一代测序及进一步的差异表达分析。随后，我们检索了调控最显著的miRNA的基因靶点，并研究了这些靶点在同期采血获得的外周血单个核细胞（PBMCs）中的差异表达。我们在哮喘马血清中鉴定出13种miRNA（包括新鉴定的miRNA）的表达存在显著差异。我们注意到的最显著差异是miR-128的表达及其30个潜在基因靶点，这些靶点此前已被报道在未刺激或用抗原刺激的PBMCs中存在差异表达（DEGs）。

在未受刺激的细胞中，三个上调的差异表达基因（RAB20、BAZ2B和HLX）此前已有报道与人类哮喘样病症相关。miR-128具有促凋亡特性，而细胞周期紊乱已在马和人类哮喘中被报道。血清中miR-128的上调很可能并非源自外周血单核细胞（PBMCs），而是来自其他组织（如肺部）或患有哮喘的马匹体内升高的中性粒细胞。我们提出将miR-128作为马哮喘的潜在新生物标志物，但其作为人类哮喘生物标志物的潜力尚需进一步研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。