戒烟与吸烟哮喘患者诱导痰样本微生物组数据集

与戒烟及微生物组研究相关的16s数据,采集自吸烟哮喘患者诱导痰样本。主题标签:哮喘、戒烟、微生物组、诱导痰、16s数据、呼吸系统疾病

ena
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基因组分类哮喘戒烟微生物组诱导痰16s数据呼吸系统疾病
PRJEB14166: Smoking cessation and the microbiome in induced sputum samples from cigarette smoking asthma patients

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-02

资源简介

戒烟与吸烟哮喘患者诱导痰样本微生物组数据集

PRJEB14166 数据集围绕吸烟哮喘患者的戒烟过程与呼吸道微生物组之间的关系展开,其核心数据为诱导痰样本的16s数据。该数据集归属于呼吸系统疾病中的哮喘方向,来源站为ebi.ac.uk。从主题构成来看,它同时涉及哮喘、戒烟、微生物组、诱导痰与16s数据等多个关键词,适合作为研究吸烟哮喘人群呼吸道微生物生态的原始数据资源。整体而言,该数据集为探索戒烟干预前后诱导痰中微生物群落变化提供了可用的序列数据基础,但其具体样本规模、测序平台与分析方法等信息需以源站记录为准。

【数据集背景】

吸烟与哮喘的关系是呼吸系统疾病研究中的重要议题,而戒烟对哮喘患者呼吸道微生物组的影响则是一个相对细分的观察角度。该数据集正是在“戒烟”与“微生物组”交叉的研究背景下产生的,其英文名称明确指向“吸烟哮喘患者诱导痰样本中的戒烟与微生物组”。源站描述也说明,这批16s数据是伴随相关研究而采集的,研究主题即为吸烟哮喘患者的戒烟过程与微生物组。由此可见,数据集的设立意图是支撑对吸烟哮喘人群在戒烟情境下呼吸道微生物群落特征的考察,而非泛泛的呼吸道微生物调查。

【数据内容】

该数据集的内容为16s数据,来源于诱导痰样本。16s数据通常指针对细菌16S核糖体RNA基因的扩增测序结果,可用于刻画样本中的细菌群落组成;诱导痰则是呼吸系统研究中常用的一种样本类型,能够反映下呼吸道部分微生物信息。就本数据集而言,其数据与吸烟哮喘患者的戒烟及微生物组研究直接相关,主题标签涵盖哮喘、戒烟、微生物组、诱导痰、16s数据与呼吸系统疾病。除上述内容外,源站未提供更细的数据类型划分、序列数量或物种注释结果等信息。

【采集与来源】

数据采集自吸烟哮喘患者的诱导痰样本,来源站为ebi.ac.uk。源站描述表明,这些16s数据是在研究戒烟与微生物组的过程中收集的,因此样本背景与“吸烟”“哮喘”“戒烟”三个条件紧密关联。关于采集地点、采集时间、受试者人数、随访安排以及测序平台等具体采集细节,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与吸烟哮喘人群呼吸道微生物组相关的研究场景,例如考察戒烟前后诱导痰微生物群落组成的变化、比较吸烟哮喘患者样本中的细菌群落特征,或作为呼吸道微生物组研究的辅助数据用于方法学验证与结果对照。由于其主题同时覆盖哮喘、戒烟与微生物组,也可用于呼吸系统疾病领域内围绕诱导痰样本的16s数据分析实践。需要说明的是,具体适用性仍取决于使用者对源站原始记录与数据质量的评估。

【使用方法】

该数据集以16s数据形式提供,使用者可按照16s扩增测序数据的常规分析流程进行处理,包括序列质量控制、操作分类单元或扩增子序列变体的聚类与注释、群落多样性分析以及样本间比较等。由于数据与戒烟及微生物组研究相关,分析设计时应结合样本的戒烟状态与哮喘背景进行分组。关于数据的具体文件格式、下载方式与分析建议,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为特定研究背景下采集的16s数据,其覆盖范围限于诱导痰样本中的细菌群落信息,不能直接反映病毒、真菌等其他微生物成分,也不等同于全基因组测序数据。样本仅来自吸烟哮喘患者,研究结论的外推范围受此人群限定。关于数据质量评估、缺失情况、批次效应以及样本量是否充分等信息,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于ebi.ac.uk,英文名称为PRJEB14166: Smoking cessation and the microbiome in induced sputum samples from cigarette smoking asthma patients。关于引用方式、许可条款与使用限制,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB14166

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

与戒烟及微生物组研究相关的16s数据,采集自吸烟哮喘患者诱导痰样本。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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