PRJEB11495：重症哮喘气道微生物群及其与哮喘聚类和严重程度的关系
下气道存在一个细菌物种群落，该群落在哮喘中发生改变。我们检验了下气道微生物群是否与哮喘严重程度的测量指标相关。我们前瞻性招募了 26 例重症哮喘、18 例非重症哮喘和 12 名健康受试者
基本信息
资源简介
PRJEB11495：重症哮喘气道微生物群及其与哮喘聚类和严重程度的关系
PRJEB11495 数据集聚焦于重症哮喘患者下气道微生物群落组成及其与哮喘严重程度的关系。研究纳入重症哮喘、非重症哮喘和健康受试者，对诱导痰样本中细菌 16S rRNA 基因 V3-V5 区域进行 PCR 扩增与测序，获得 138,218 条高质量序列，并以每样本 133 条序列进行抽平处理。分析显示，不同组别之间门水平的分布存在显著差异，拟杆菌门和梭杆菌门在非重症与重症哮喘组中减少，变形菌门在非重症哮喘组较对照组更常见，厚壁菌门在重症哮喘组较对照组增加。该数据集为探索下气道微生物群与哮喘临床分型及严重程度之间的关联提供了序列与分组层面的基础资料。
【数据集背景】
下气道并非无菌环境，而是栖息着一个细菌物种群落，这一群落在哮喘状态下会发生改变。基于这一认识，相关研究进一步检验下气道微生物群是否与哮喘严重程度的测量指标存在关联。该数据集即围绕“重症哮喘中的气道微生物群及其与哮喘聚类和严重程度的关系”这一主题产生，旨在从微生物群落层面刻画不同严重程度哮喘患者与健康受试者之间的差异，为理解哮喘异质性提供微生物学视角的观察材料。
【数据内容】
数据集的核心内容为诱导痰样本中细菌 16S rRNA 基因 V3-V5 区域的 PCR 扩增产物经测序后获得的高质量序列数据。研究共获得 138,218 条高质量序列，并以每样本 133 条序列进行抽平处理，以保证样本间比较的序列深度一致。在操作分类单元（OTU）层面，有 20 个 OTU 的序列占总序列的比例达到或超过 1%。源站描述还报告了门水平分布在不同组别之间的显著差异：拟杆菌门和梭杆菌门在非重症与重症哮喘组中减少；变形菌门在非重症哮喘组中较对照组更常见（OR=2.26，95% CI=1.94-2.64）；厚壁菌门在重症哮喘组中较对照组增加（OR=2.15，95% CI=1.89-2.45）。此外，组间门水平分布的总体差异具有统计学意义（P=2.8×10⁻¹¹⁸）。
【采集与来源】
该数据集来源于 ebi.ac.uk，属于呼吸系统疾病中哮喘方向的数据资源。研究采用前瞻性招募方式，共纳入 26 例重症哮喘患者、18 例非重症哮喘患者和 12 名健康受试者。样本类型为诱导痰，DNA 从诱导痰中提取，随后对细菌 16S rRNA 基因的 V3-V5 区域进行 PCR 扩增并测序。上述受试者分组、样本类型与实验流程构成了该数据集的基本采集与来源信息。关于样本采集的具体时间跨度、地理范围及伦理审批等细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于下气道微生物群与哮喘严重程度关系的研究场景，可用于比较重症哮喘、非重症哮喘与健康对照之间在门水平和 OTU 水平上的群落组成差异，也可用于复现或延伸关于拟杆菌门、梭杆菌门、变形菌门和厚壁菌门相对分布变化的分析。由于数据涉及哮喘严重程度分组，还可用于探索微生物群特征与哮喘临床分型、严重程度指标之间的关联假设。此外，该数据可作为呼吸系统疾病微生物组研究中的对照或参照资源，用于方法学比较和群落结构描述性分析。需要说明的是，上述适用方向均以源站描述所涉及的分组与指标为边界，源站未提供更广泛的临床应用或预测建模验证信息。
【使用方法】
使用该数据集时，可基于抽平至每样本 133 条序列的 OTU 表进行组间比较，关注占总序列比例不低于 1% 的 20 个 OTU 以及门水平的相对分布。分析中可按照重症哮喘、非重症哮喘和健康对照三组进行分组统计，并参考源站报告的比值比及其置信区间来理解变形菌门和厚壁菌门的组间差异方向。对于拟杆菌门和梭杆菌门，可在非重症与重症哮喘组中考察其减少趋势。由于源站描述已给出组间门水平分布的总体检验结果，使用时可将其作为整体差异的背景信息，但具体统计模型、序列处理软件参数及 OTU 聚类方法等细节，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集提供了 138,218 条高质量序列，并采用每样本 133 条序列的抽平策略，这在一定程度上控制了测序深度差异对组间比较的影响。然而，抽平深度较低可能限制对低丰度类群的检出与稳定估计；源站描述中仅明确报告了 20 个 OTU 达到总序列 1% 以上的比例阈值，未提供更细粒度的群落多样性指标。样本量为 26 例重症哮喘、18 例非重症哮喘和 12 名健康受试者，属于较小规模的前瞻性招募研究，组间样本量不完全均衡。关于受试者年龄、性别构成、用药情况、合并症以及测序平台和生物信息学流程等潜在混杂因素与质控细节，源站未提供。因此，使用该数据时应将其视为特定研究背景下的微生物群落描述性资料，而非具有广泛外推能力的结论性证据。
【引用与许可】
该数据集的英文名称为“PRJEB11495: Airway microbiota in severe asthma and relationship to asthma clusters and severity”，来源站为 ebi.ac.uk。关于数据的具体引用格式、作者列表、发表刊物以及许可条款，源站未提供。使用者在引用或再利用该数据集前，应自行查阅源站页面以获取正式的引用与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB11495
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
下呼吸道存在一个细菌群落，其在哮喘中发生改变。我们研究了下气道微生物群是否与哮喘严重程度指标相关。我们前瞻性招募了26例重度哮喘、18例非重度哮喘和12例健康受试者。从诱导痰中提取DNA，并对细菌16S rRNA基因V3-V5区域进行PCR扩增。我们获得了138,218条高质量序列，按每样本133条序列进行稀释。20个OTU的序列占总量的≥1%。各组之间门水平的分布存在显著差异（P=2.8x10-118）。拟杆菌门和梭杆菌门在非重度和重度哮喘组中减少。变形菌门在非重度哮喘患者中较对照组更常见（OR=2.26 95% CI=1.94-2.64），厚壁菌门在重度哮喘患者中较对照组增加（OR=2.15 95%CI=1.89-2.45）。厚壁菌门中的链球菌OTU与近期发病哮喘、鼻窦炎和痰嗜酸性粒细胞增多相关。重度哮喘患者的痰微生物群与健康对照和非重度哮喘患者不同，其特征是存在链球菌属及嗜酸性粒细胞增多。
这些微生物是否为哮喘病理生理学的致病因素仍有待确定。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
