小鼠OVA诱导过敏性哮喘肺单细胞RNA-seq数据集

本项目构建了卵清蛋白(OVA)诱导的慢性哮喘模型小鼠肺部的单细胞转录组图谱。本项目旨在揭示过敏性哮喘中与哮喘相关的细胞亚群以及肺组织的细胞类型特异性转录变化

ena
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基因组分类呼吸系统疾病哮喘单细胞RNA-seq小鼠肺组织OVA诱导模型细胞亚群转录组图谱
PRJDB23807: Single cell RNA-seq of mouse OVA-induced allergic asthma lung (PRJCA005877)

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-11-02

资源简介

小鼠OVA诱导过敏性哮喘肺单细胞RNA-seq数据集

PRJDB23807(PRJCA005877)是一项针对小鼠过敏性哮喘模型的单细胞转录组研究数据集,聚焦于卵清蛋白(OVA)诱导的慢性哮喘模型小鼠肺部。该项目通过单细胞RNA测序技术构建了该模型肺组织的单细胞转录组图谱,旨在揭示过敏性哮喘中与哮喘相关的细胞亚群,以及肺组织内细胞类型特异性的转录变化。数据集在站内归类于呼吸系统疾病下的哮喘方向,来源站点为ebi.ac.uk。整体而言,该数据集为在单细胞分辨率上理解过敏性哮喘肺部细胞组成与转录异质性提供了直接的数据基础,适用于呼吸系统疾病尤其是哮喘相关细胞亚群与细胞类型特异性表达变化的研究场景。

【数据集背景】

哮喘是一种异质性较强的呼吸系统疾病,过敏性哮喘是其常见类型之一。为了在细胞层面解析过敏性哮喘的肺部病理特征,本项目采用卵清蛋白(OVA)诱导的小鼠慢性哮喘模型,并借助单细胞RNA测序技术对模型小鼠肺部进行转录组层面的刻画。项目的核心目标在于揭示与哮喘相关的细胞亚群,以及肺组织在不同细胞类型上的特异性转录变化,从而为理解过敏性哮喘的细胞学基础提供数据支撑。

【数据内容】

该数据集的内容为小鼠肺部单细胞转录组图谱,来源于OVA诱导的慢性哮喘模型。其数据覆盖的是模型小鼠肺组织的单细胞转录组信息,用途指向哮喘相关细胞亚群的识别与细胞类型特异性转录变化的分析。除上述描述外,数据的具体样本数量、测序平台、细胞数目、基因数目、聚类结果等细节,源站未提供。

【采集与来源】

数据集来源于ebi.ac.uk,英文名称为“PRJDB23807: Single cell RNA-seq of mouse OVA-induced allergic asthma lung (PRJCA005877)”。其生物样本为卵清蛋白(OVA)诱导的慢性哮喘模型小鼠的肺组织,采集方式为单细胞RNA测序。关于具体的动物品系、造模周期、给药方案、测序建库策略及伦理审批等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于呼吸系统疾病特别是哮喘方向的研究场景,包括:在单细胞层面识别过敏性哮喘相关的细胞亚群;分析肺组织内不同细胞类型的特异性转录变化;作为OVA诱导慢性哮喘模型肺部单细胞转录组图谱的参考数据,用于相关比较研究或探索性分析。由于数据仅涉及小鼠模型,其结论向人类哮喘的外推需谨慎,具体适用范围应结合源站说明判断。

【使用方法】

该数据集可通过来源站点ebi.ac.uk获取,具体访问编号为PRJDB23807(PRJCA005877)。使用时应按照单细胞转录组数据的常规分析流程进行质控、细胞聚类与细胞类型注释,并围绕哮喘相关细胞亚群与细胞类型特异性转录变化开展分析。关于数据文件格式、下载方式、配套分析代码或处理流程等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于OVA诱导的小鼠慢性哮喘模型,属于模型动物层面的单细胞转录组数据,其生物学结论与人类过敏性哮喘之间可能存在种属差异。数据的具体质量指标,如测序深度、细胞存活率、批次效应、重复样本数量等,源站未提供。此外,数据仅覆盖肺组织,未涉及其他器官或系统的信息。

【引用与许可】

该数据集的来源站点为ebi.ac.uk,访问编号为PRJDB23807(PRJCA005877)。关于数据的具体引用文献、作者信息、许可协议及使用条款,源站未提供。

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数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJDB23807

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本项目构建了卵清蛋白(OVA)诱导的慢性哮喘小鼠模型的肺单细胞转录组图谱。本项目旨在揭示过敏性哮喘中与哮喘相关的细胞亚群以及肺组织的细胞类型特异性转录变化。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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