NHLBI TOPMed - NHGRI CCDG:西班牙裔社区健康研究/拉丁裔研究(HCHS/SOL)
本研究包含全基因组序列数据。从西班牙裔社区健康研究/拉丁裔研究(HCHS/SOL)——一项涵盖 16,415 名古巴、多米尼加、墨西哥、波多黎各、中美洲和南美洲背景个体的多中心前瞻性队列研究(phs000810)——中选取病例对照样本进行全基因组测序,包括有医生诊断哮喘史的参与者和无哮喘的参与者

基本信息
资源简介
NHLBI TOPMed - NHGRI CCDG:西班牙裔社区健康研究/拉丁裔研究(HCHS/SOL)
NHLBI TOPMed - NHGRI CCDG: Hispanic Community Health Study/Study of Latinos (HCHS/SOL) 是一项包含全基因组序列数据的研究数据集,聚焦于呼吸系统疾病中的哮喘。该数据集从西班牙裔社区健康研究/拉丁裔研究(HCHS/SOL)这一多中心前瞻性队列中选取病例对照样本进行全基因组测序,样本包括有医生诊断哮喘史的参与者和无哮喘的参与者。HCHS/SOL 队列涵盖 16,415 名古巴、多米尼加、墨西哥、波多黎各、中美洲和南美洲背景个体。数据集由 BOERWINKLE, ERIC 贡献,机构为 NHLBI BioData Catalyst,于 2021 年发布,来源站为 doi.org。
【数据集背景】
该数据集属于 NHLBI TOPMed - NHGRI CCDG 项目框架下的西班牙裔社区健康研究/拉丁裔研究(HCHS/SOL)部分。HCHS/SOL 本身是一项多中心前瞻性队列研究,覆盖 16,415 名具有古巴、多米尼加、墨西哥、波多黎各、中美洲和南美洲背景的个体。在此基础上,本研究选取病例对照样本开展全基因组测序,以支持哮喘相关的遗传学研究。数据集在分类上归入呼吸系统疾病 / 哮喘方向,体现了其面向哮喘这一呼吸系统疾病的科研定位。
【数据内容】
该数据集的核心内容是全基因组序列数据。测序样本为从 HCHS/SOL 队列中选取的病例对照样本,具体包括有医生诊断哮喘史的参与者和无哮喘的参与者。数据覆盖上述病例与对照两类个体,旨在为哮喘的遗传关联分析提供序列层面的基础数据。源站未提供关于样本量、测序深度、变异位点数量等更细化的数据内容说明。
【采集与来源】
数据来源于西班牙裔社区健康研究/拉丁裔研究(HCHS/SOL),该队列为多中心前瞻性研究,纳入 16,415 名具有古巴、多米尼加、墨西哥、波多黎各、中美洲和南美洲背景的个体(对应 phs000810)。本研究从该队列中选取病例对照样本进行全基因组测序。数据集的来源站为 doi.org,贡献者为 BOERWINKLE, ERIC,所属机构为 NHLBI BioData Catalyst,发布时间为 2021 年。源站未提供具体的采样时间、测序平台和样本处理流程等信息。
【适用场景】
基于其全基因组序列数据和哮喘病例对照设计,该数据集适用于哮喘的遗传学研究,例如在全基因组范围内探索与哮喘相关的遗传变异、开展病例对照关联分析,以及在西班牙裔/拉丁裔多背景人群中考察哮喘的遗传基础。由于数据涵盖多个拉丁裔背景群体,也可用于涉及人群多样性的呼吸系统疾病遗传研究。源站未提供关于其他具体应用场景的说明。
【使用方法】
源站未提供该数据集的具体使用方法,包括数据访问方式、下载途径、分析流程或配套工具等信息。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、质控指标或使用限制的说明。已知信息仅表明该数据集包含全基因组序列数据,样本为来自 HCHS/SOL 队列的哮喘病例对照个体。其他质量与限制相关内容源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供该数据集的引用格式或许可条款信息。已知的贡献者为 BOERWINKLE, ERIC,所属机构为 NHLBI BioData Catalyst,来源站为 doi.org,发布时间为 2021 年。
下载信息
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暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
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使用方式
数据集获取
源站:https://doi.org/10.60645/bdc-d542-4822
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究包含全基因组序列数据。从西班牙裔社区健康研究/拉丁裔研究(HCHS/SOL)中选取了一个病例对照样本进行全基因组测序,该研究是一项多中心前瞻性队列研究,涵盖16415名具有古巴、多米尼加、墨西哥、波多黎各、中美洲和南美洲背景的个体(phs000810),样本包括有医生诊断哮喘病史的参与者及无哮喘的参与者。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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