整合肺组织与灌洗液蛋白质组揭示过敏原激发小鼠的通路响应

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/massive/MSV000086003

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

为捕捉生物通路之间的相互作用，我们分析了单个未接触过敏原和经屋尘螨（HDM）攻击的BALB/c小鼠（一种过敏性哮喘模型）的配对肺组织与支气管肺泡灌洗液（BALF）的蛋白质组。无偏非标记LC-MS/MS分析从过敏原未接触和HDM暴露小鼠的组织和BALF中定量了2,675种蛋白质。在比较这四个数据集时，我们发现肺组织与BALF之间的蛋白质多样性显著大于HDM攻击所诱导的变化。过敏原暴露后富集的生物通路具有区室依赖性。肺组织以先天免疫反应和氧化应激为特征，而BALF最强烈地揭示了代谢变化。我们整合了肺组织和BALF蛋白质组，主要突出了氧化还原（redox）通路，这一发现主要受肺组织数据集影响。整合肺和BALF蛋白质组还揭示了可能介导过敏原攻击后肺组织与BALF相互作用的新蛋白质和生物通路，例如B细胞受体信号传导。

我们证明，当并行研究肺部的不同生物区室时，可以促进洞察力的增强。整合肺组织和BALF区室的蛋白质组，揭示了关于环境挑战响应中蛋白质网络的新信息，以及细胞内和细胞外过程之间的相互作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。