GSE90641：表观基因组分析揭示ILC2s是过敏性气道炎症的关键介质

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE90641

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数据说明

2型先天淋巴样细胞（ILC2）是驱动过敏性哮喘的细胞因子的主要产生者，且在哮喘患者的血液和痰液中已检测到ILC2水平升高。哮喘易感性具有强烈的（表观）遗传学成分，但其潜在机制以及这些机制是否与ILC2生物学相关仍不清楚。为揭示ILC2在过敏性气道炎症（AAI）中功能的分子基础，并评估其对于理解遗传变异如何影响哮喘易感性的相关性。使用Gata3-IRES-YFP报告小鼠从支气管肺泡灌洗液和淋巴结中分离ILC2。从外周血中纯化人初始ILC2并在体外激活。我们采用RNA-Seq、ChIPm-Seq和计算方法研究ILC2激活、组织特异性功能及哮喘遗传易感性背景下的转录组和表观基因组。激活的ILC2显示出一种组织特异性基因表达特征，该特征源自高度相似的表观基因组。我们鉴定出超级增强子——一类对表观遗传药物敏感的调控区域——控制ILC2身份和哮喘相关基因。

全基因组关联研究所涉及的哮喘相关基因大多在ILC2中处于活跃或预备状态。研究发现，大量与哮喘相关的遗传变异存在于ILC2基因调控元件中。我们的全基因组分析揭示了ILC2在过敏性气道炎症（AAI）中的新潜在功能，这些细胞拥有可塑且灵活的表观基因组。重要的是，我们揭示了ILC2中的基因调控机制与哮喘易感性的（表观）遗传基础之间的紧密联系，支持ILC2在人类哮喘中的致病作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。