GSE85215：Frac-seq揭示microRNA在哮喘全基因组转录组和翻译组调控中的作用（miRNA-Seq）

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE85215

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数据说明

转录与翻译之间的相关性较差，因为mRNA会经历多种调控步骤，如可变剪接和microRNA调控，这些步骤决定了其能否被翻译为蛋白质。因此，转录mRNA水平的测量可能错误地反映细胞激活状态。为利用人体生理性mRNA水平验证这一假设，我们分析了健康供体和重度哮喘（SA）供体支气管上皮细胞中的细胞质及多聚核糖体结合mRNA表达（Frac-seq），并结合小RNA-seq进行microRNA谱分析。SA是一种慢性炎症性气道疾病，其在分子层面的机制尚不清楚。我们发现，健康与重度哮喘之间存在275个差异结合于多聚核糖体的基因，其中仅11.64%与差异表达的细胞质mRNA（226个基因）重叠。我们发现335个差异结合于多聚核糖体的可变剪接mRNA异构体，其中仅约8%可通过细胞质mRNA分析发现。约三分之二的差异表达异构体在细胞质和多聚核糖体结合组分中均无法在基因水平上找到，表明哮喘中存在剪接紊乱。

只有对与多聚核糖体结合的差异表达异构体进行分析，才揭示了总mRNA分析中未被发现疾病相关通路。我们检测到一个由21个差异表达microRNA组成的网络，其中8个microRNA占细胞质和多聚核糖体结合mRNA异构体中观察到的靶向作用的80%以上。重要的是，microRNA靶向的细胞质mRNA和多聚核糖体结合mRNA是不同的。因此，本研究整合了深度测序、亚细胞分级分离和microRNA谱分析，证明转录后调控过程的破坏是哮喘的主要致病分子机制，这是仅使用更传统的转录组学方法所无法剖析的。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。