细胞特异性MyD88敲除小鼠肺cDCs在OVA/标准鞭毛蛋白体内致敏0h和6h的ATAC-seq

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE79062

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

过敏性哮喘是一种以嗜酸性粒细胞和中性粒细胞炎症为特征的慢性气道疾病。MYD88是TLR及IL-1家族成员信号传导的衔接分子，在过敏性哮喘动物模型中，经气道致敏过程需要MYD88参与。我们分别构建了气道上皮细胞（ECs）或树突状细胞（DCs）条件性缺失Myd88的突变小鼠，以明确这两种细胞类型中Myd88表达的各自贡献。为在体内研究ECs向常规（c）DCs的表观遗传串扰，我们分析了经气道体内过敏性致敏6小时或基线状态下分选的小鼠肺cDCs的ATAC-seq数据，样本来源于WT MyD88 fx/fx、SPC cre+ MyD88 fx/fx（EC-MYD88 KO）、CD11c cre+ MyD88 fx/fx（DC-MYD88 KO）及全身MyD88 KO小鼠。我们观察到cDCs中染色质构象的特异性表观遗传改变，这些改变既包括细胞内在性变化，也包括源于ECs的体内串扰所导致的变化。

我们还通过Affymetrix全转录组阵列（链接数据集）观察到了cDCs中的转录变化，以及通过Nanostring nCounter免疫学代码集分析（附加链接文件）观察到的免疫特异性全肺RNA、分选EC RNA、分选肺泡巨噬细胞RNA和分选cDC RNA的变化。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。