鼻腔基因表达与儿童特应性哮喘

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE65204

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们比较了患有持续性特应性哮喘的非裔美国儿童与健康对照组的基因组DNA甲基化模式和基因表达。在调整了年龄、性别、种族/民族、批次效应、膨胀效应及多重比较（错误发现率调整后q<0.05）之后，我们识别出119个差异甲基化区域（DMRs）和118个差异甲基化探针（DMPs）。差异甲基化的基因包括那些在哮喘和特应性中已确立作用的基因、细胞外基质成分、与免疫、细胞粘附、表观遗传调控及气道阻塞相关的基因。低甲基化和高甲基化基因分别与基因表达的增加和减少相关联（DMRs的P<2.8x10^-6，DMPs的P<7.8x10^-10）。对53个差异表达基因中甲基化-表达关系的定量分析显示，32个（60%）基因在其5kb范围内具有显著的（q<0.05）甲基化-表达关系。基于与哮喘的相关性、甲基化变化幅度及哮喘特异性甲基化-表达关系选出的10个位点，在一个独立的儿童哮喘队列中得到了验证。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。