哮喘肺泡巨噬细胞转录组分析
该数据集来自 NCBI GEO（GSE65039），主题为哮喘患者肺泡巨噬细胞的转录组分析，采用高通量测序进行基因表达谱检测
基本信息
资源简介
哮喘肺泡巨噬细胞转录组分析
GSE65039 数据集来自 NCBI GEO，主题为哮喘患者肺泡巨噬细胞的转录组分析，采用高通量测序进行基因表达谱检测。该数据集旨在研究过敏原激发后人类哮喘患者肺泡巨噬细胞基因表达模式的改变，属于呼吸系统疾病中哮喘方向的基础研究数据。数据集包含一个可供下载的表达谱矩阵文件，适合从事哮喘免疫机制、巨噬细胞功能以及转录组分析的研究人员参考使用。
【数据集背景】
该数据集围绕哮喘这一呼吸系统疾病展开，关注的核心对象是肺泡巨噬细胞。根据源站描述，本研究的目的是考察人类哮喘患者在接受过敏原激发后，肺泡巨噬细胞基因表达模式所发生的变化。肺泡巨噬细胞是呼吸道免疫防御与炎症调节的重要细胞群体，其在过敏原刺激下的转录组改变有助于理解哮喘相关的免疫反应机制。数据集以基因表达谱检测为主题，采用高通量测序技术路线，体现了以转录组层面观察疾病相关细胞状态变化的研究思路。
【数据内容】
数据集英文名称为 GSE65039: Transcriptome analysis of alveolar macrophages in asthma，源站标题为 Transcriptome analysis of alveolar macrophages in asthma。数据集包含 1 个文件，文件样例为 GSE65039_series_matrix.txt.gz，即一个经过 GZIP 压缩的表达谱矩阵文件。主题标签包括 Expression profiling by high throughput sequencing、GPL11154 与 9606，分别指向高通量测序基因表达谱、所使用的平台编号以及人类物种编号。数据集整体以矩阵形式组织基因表达信息，供后续分析使用。
【采集与来源】
该数据集来源于 ncbi.nlm.nih.gov，即 NCBI GEO 数据库。作者信息记录为 Gye，Y，Park，发布时间为 Jan 15 201。数据集在本站归类于呼吸系统疾病 / 哮喘方向。源站描述说明了研究目的，即通过过敏原激发考察人类哮喘患者肺泡巨噬细胞基因表达模式的改变。除上述来源与作者、发布时间信息外，关于样本采集地点、受试者招募细节与实验流程等内容，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于哮喘相关的转录组研究场景，例如分析过敏原激发前后肺泡巨噬细胞基因表达模式的差异、探讨哮喘炎症相关的基因表达变化，以及作为高通量测序表达谱数据的参考或验证材料。由于主题标签明确指向高通量测序表达谱与人类物种，其使用场景主要面向以人类转录组数据为基础的生物信息学分析与呼吸系统疾病机制研究。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE65039_series_matrix.txt.gz，并按文件格式以 GZIP 压缩包方式读取。建议先在小样本上核对字段与编码，确认无误后再批量接入，以保证后续分析的一致性与准确性。该文件为表达谱矩阵形式，适合在常规转录组分析流程中读取与处理。关于具体的分析步骤与参数设置，源站未提供。
【质量与限制】
数据集仅包含 1 个文件，即压缩后的表达谱矩阵，未提供其他配套文件。关于样本数量、测序深度、数据质控指标以及批次信息等内容，源站未提供。作者与发布时间信息较为简略，发布时间的年份记录不完整。使用者在接入数据前应自行核对字段与编码，并结合研究目的评估数据适用性。除源站描述所提及的研究目的外，数据集的其他技术细节与局限性说明，源站未提供。
【引用与许可】
数据集作者记录为 Gye，Y，Park，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。关于引用格式、许可条款与使用限制，源站未提供。使用者在引用或再分发该数据集时，应遵循来源站的相关规定，并建议查阅源站页面获取最新的引用与许可信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE65039
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
目的：本研究旨在探究过敏原激发对人类哮喘患者肺泡巨噬细胞基因表达模式的影响。方法：采用过敏原亚段支气管激发（SBP-AG）方案，我们在纳入该方案的研究对象中，于过敏原激发前及激发后48小时获取支气管肺泡灌洗液（BAL fluids）。从BAL液中纯化肺泡巨噬细胞并分离总RNA。利用Illumina系统生成下一代测序数据。结果：通过优化的数据分析流程，我们将每个样本约7500万条序列读数比对到人类基因组，并在巨噬细胞mRNA中鉴定出29,691个转录本。其中，37个转录本的表达谱变化具有统计学显著性。结论：目前公认，富含Th2细胞因子的环境可将巨噬细胞表型转化为替代性活化形式。然而，巨噬细胞全基因组基因表达谱的细节尚未得到充分研究。利用RNA-seq技术，我们提供了过敏性肺部炎症中巨噬细胞基因表达谱的全面数据。
我们的数据可为研究慢性炎症性疾病中替代性活化巨噬细胞的生物学功能提供一个框架。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
数据缺失？
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