哮喘与非哮喘气道平滑肌细胞胞内信号通路激活的大规模表达谱分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE63744

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

信号通路调控着健康和疾病状态下的所有主要细胞事件，包括哮喘的发生与进展。利用全转录组分析的新型系统方法可以探索人类细胞内信号传导的复杂性。基因表达帽分析（CAGE）是构建转录组文库的首选方法，因为它仅检测具有最高翻译成蛋白质可能性的末端加帽mRNA。在本研究中，我们首次采用高通量方法，系统性地分析了来自哮喘受试者（n=8）和非哮喘受试者（n=6）的原代培养人气道平滑肌（ASM）细胞中差异激活的细胞内信号通路（ISPs），突出了哮喘特异性的协同调控模式。对原代人ASM细胞的CAGE文库进行了大规模并行下一代测序，并使用新近开发的OncoFinder技术对ISP激活进行了全面分析。对270条ISPs的分析发现了多条能够清晰区分哮喘细胞与正常细胞的通路。

具体而言，我们发现在哮喘样本与非哮喘样本之间存在146条（p<0.05）和103条（p<0.01）信号通路的活性差异。我们识别出七个功能上与疾病相关的协同作用通路簇。在哮喘中下调的通路主要代表促进细胞死亡的通路，而上调的通路主要涉及细胞生长与增殖、炎症反应以及一些特定反应，包括平滑肌收缩和缺氧相关信号传导。本研究中揭示的大多数相互作用此前并未与哮喘相关联，这表明这些结果对于开发针对与哮喘病理生理学相关的ISP特征的新型治疗策略可能具有关键意义。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。