致命性哮喘与对照人气道平滑肌转录组对维生素D或沙丁胺醇的响应

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE58434

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

理由：哮喘是一种慢性炎症性气道疾病。重症哮喘患儿的维生素D水平低于中度哮喘患儿，且在重症哮喘患儿中，气道平滑肌（ASM）质量与维生素D水平呈负相关。β2受体激动剂是常见的哮喘药物，其部分作用机制是靶向ASM。我们采用RNA-Seq技术，对致死性哮喘患者与对照者在基线和两种处理条件下的ASM转录组进行了表征。方法：采用Illumina TruSeq检测方法，为白人供者的ASM细胞制备75bp双端文库，包括6例致死性哮喘供者和12例对照供者，涉及三种处理条件：1）未处理；2）β2受体激动剂处理（即沙丁胺醇，1μM处理18小时）；3）维生素D 100 nM处理18小时。文库使用Illumina Hi-Seq 2000仪器进行测序。采用Tuxedo Suite工具将reads比对至hg19参考基因组、组装转录本，并按照https://github.com/blancahimes/taffeta中描述的方案进行差异表达分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。