GSE52778：哮喘药物作用下人气道平滑肌转录组变化

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE52778

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

理由：哮喘是一种慢性炎症性气道疾病。用于其治疗的最常见药物是β2受体激动剂和糖皮质激素，而这些药物在哮喘治疗中所针对的主要组织之一是气道平滑肌。我们使用RNA-Seq来表征基线状态下及三种哮喘治疗条件下的人气道平滑肌（HASM）转录组。方法：采用Illumina TruSeq检测方法，为来自四名白人男性供体的HASM细胞在四种处理条件下制备75bp双端文库：1）未处理；2）使用β2受体激动剂处理（即沙丁胺醇，1μM，处理18小时）；3）使用糖皮质激素处理（即地塞米松（Dex），1μM，处理18小时）；4）同时使用β2受体激动剂和糖皮质激素处理，并使用Illumina Hi-Seq 2000仪器对文库进行测序。使用Tuxedo Suite工具将读段比对到hg19参考基因组，组装转录本，并按照https://github.com/blancahimes/taffeta中描述的方案进行差异表达分析。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。