大鼠病毒后细支气管炎后遗症的时序转录组特征

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE51267

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

生命早期呼吸道病毒感染与特应性特征系儿童哮喘发生的重要危险因素。据推测，反复的呼吸道病毒感染可能通过干扰肺成熟的正常过程而诱导结构重塑；然而，介导上述变化的具体分子过程尚不清楚。为明确相关分子通路，我们采用在断奶大鼠中已充分建立的仙台病毒感染模型，比较感染后哮喘易感品系（BN）与感染后哮喘抵抗品系（F344）之间的转录组特征。该断奶模型所特有的、且在成年模型中未见描述的现象是：易感品系感染仙台病毒后，远端气道出现形态学异常并持续至成年期，提示正常肺生长受到干扰。来自感染肺与对照肺在五个时间点的基因表达数据显示，与F344大鼠相比，BN大鼠肺内病毒感染后免疫应答的特定特征增强且延长。

这些特征包括巨噬细胞数量及相关基因表达的增多，随后转变为肥大细胞数量及相关基因表达的增多。与感染BN肺中增强的免疫反应形成对比，感染F344肺显示出更有效的再上皮化。我们得出结论：感染BN肺而非F344肺中出现并持续存在的结构缺陷，是在病毒感染引发显著的巨噬细胞和肥大细胞反应、同时伴随再上皮化不足的背景下发生的。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。