新生小鼠肺对急性臭氧暴露反应的转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE45166

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数据说明

臭氧是高人口密度地区的主要空气污染物。高浓度环境臭氧与儿童和成人肺功能下降及哮喘加重相关。然而，臭氧对新生儿肺的影响在很大程度上尚不清楚。本研究旨在从转录组水平分析新生儿肺对臭氧的应答，以明确臭氧污染物对出生后发育期肺的影响。将新生小鼠暴露于臭氧或过滤后的正常空气中3小时。暴露结束后6小时和24小时，从肺组织分离总RNA，并使用Whole Mouse Genome Gene Expression 4X44K Microarrays（G2519F-014868，Agilent Technologies）进行基因表达分析。出生后肺的转录组分析显示，在臭氧暴露后6小时，有455个基因下调、166个基因上调至少1.5倍（t检验，p<0.05）。暴露后24小时，与暴露于过滤空气的新生小鼠相比，暴露于臭氧的新生小鼠肺中有543个基因下调、323个基因上调（t检验，p<0.05）。

在控制错误发现率后，臭氧暴露后24小时，有50个基因显著下调，仅有4个基因显著上调（q<0.05）。基因本体富集分析显示，与细胞周期相关的功能，包括细胞分裂/增殖、细胞组装与组织，是受臭氧暴露负向调控的主要通路。这些发现表明，臭氧污染水平升高可能会干扰早期肺部的发育与生长。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。