人类支气管内膜活检的下一代转录组测序（RNA-Seq）：哮喘与对照

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE38994

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

理由：哮喘的细胞和分子通路极为复杂。通过无偏转录组分析（RNA-Seq）可增进理解。假设与目的：我们假设哮喘患者与对照者全人支气管内膜活检组织的转录组谱存在差异。首先，我们研究了从适用于RNA-Seq的全支气管内膜活检组织获取RNA的可行性。其次，我们检查了哮喘与对照者之间转录组谱的差异。方法：这项横断面研究比较了4例未使用类固醇的变应性哮喘患者和5例健康非变应性对照者。从每名受试者4份支气管内膜活检组织中分离ASM的RNA并进行测序（GS FLX+，454/Roche）。使用Ingenuity Pathway Analysis鉴定基因网络。哮喘与对照者之间每个基因 reads 数的比较基于泊松分布。在当前样本量下，估计错误发现率为4%。结果：分离RNA的产量为900-9,300ng。我们分别鉴定出哮喘和对照者的10,167和11,006个独特基因。

46个基因在哮喘与对照组之间差异表达，包括pendrin、periostin和BCL2。涉及细胞形态、运动和发育的10个基因网络IPA网络评分≥2。结论：从整个人类支气管内活检组织分离的RNA适合进行RNA-Seq，显示哮喘与对照组之间的转录组谱不同。发现新的和确认的基因与哮喘相关。这些结果表明，哮喘患者气道的生物学过程与健康对照相比受到不同的调控，这可能与该疾病的发病机制和治疗相关。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。