GSE325572：转录组分析鉴定TMPRSS4为哮喘与特应性皮炎的共享生物标志物

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE325572

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数据说明

哮喘与特应性皮炎（AD）是常见的慢性炎症性疾病，二者常合并发生，但其潜在的共同生物学机制仍不明确。本研究对GSE6012和GSE67472数据集进行WGCNA分析，鉴定出24个与AD和哮喘均相关的基因。我们观察到，跨膜丝氨酸蛋白酶4（TMPRSS4）在两个独立数据集（GSE6012/GSE67472）中于哮喘和AD患者均显著上调，Wilcoxon检验显示其具有较高的受试者工作特征（ROC）曲线性能，提示其可能作为哮喘与AD共病的共同生物学标志物。为阐明TMPRSS4的生物学作用，我们首先在HaCaT和BEAS-2B细胞模型中通过逆转录定量PCR（RT-qPCR）、western blotting和免疫荧光验证了其表达谱。随后，我们在上述两种细胞系中进行TMPRSS4敲除并开展RNA-Seq分析，结果提示TMPRSS4可能参与信号转导和免疫应答通路。

对密切相关的信号转导与转录激活因子3（STAT3）信号通路的进一步研究表明，敲除TMPRSS4导致STAT3的Ser727位点磷酸化增加、Tyr705位点磷酸化减少。此外，TMPRSS4-/-细胞表现出内质网（ER）-线粒体接触增加。这些发现提示TMPRSS4可能通过调控内质网-线粒体功能发挥其作用。我们的研究为TMPRSS4在哮喘与AD共病发病机制中的作用提供了新的见解，并凸显了其作为治疗靶点的潜力。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。