支气管上皮转录组分析揭示易加重哮喘儿童鼻病毒感染的干扰素与炎症反应失调 [scRNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE309311

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

影响鼻病毒诱导哮喘急性发作易感性的宿主因素仍缺乏充分表征。本研究利用来自特征明确的哮喘患儿和健康儿童的器官型支气管上皮培养物，通过批量及单细胞转录组学和靶向蛋白分析，探究了病毒载量动力学及由此产生的宿主反应。来自急性发作易感儿童的支气管上皮表现出更强的鼻病毒复制以及一系列过度放大的下游干扰素（IFN）、炎症、上皮应激和重塑反应。这些转录模式通过单细胞转录组学得到证实并进一步细化，揭示了细胞类型特异性的贡献——尤其是来自非纤毛细胞群体，包括分泌型免疫反应细胞、簇状细胞和基底细胞。我们观察到，这些感染后差异与感染前干扰素刺激基因（ISG）表达及ISG CXCL10蛋白水平较低相关。

预防性IFN-β治疗减少了病毒复制并使下游反应正常化，支持低基线（感染前）IFN水平作为易加重哮喘儿童对鼻病毒诱导不良反应宿主易感性的可改变因果决定因素。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。