有益环境通过表观遗传调控促进免疫韧性 [scRNA-seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE307573

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

环境因素往往有害；然而，某些环境可增强免疫韧性。值得注意的是，在传统农场长大的儿童过敏和哮喘患病率较低。本研究探讨了有益环境（以农场粉尘提取物FD为代表）如何影响OVA诱导的过敏性炎症中的肺免疫功能。FD暴露减轻了过敏性肺部炎症，并增加了单核细胞来源巨噬细胞（MDM）的募集。scRNA-seq显示，FD暴露的MDM基因表达发生改变，包括Ccl8和MHCII表达受抑，从而削弱了嗜酸性粒细胞募集和抗原呈递。RNA-seq和ATAC-seq在体外实验中、于骨髓来源巨噬细胞上证实了FD诱导的表观遗传重编程。这种调控在人类和小鼠细胞中均可见，依赖于PPARγ信号维持的HDAC活性。这些发现表明，有益的环境暴露可重编程免疫细胞，并可能为哮喘预防提供新策略。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。