健康与过敏性哮喘中支气管肺泡及气道黏膜T细胞的表型与克隆谱差异

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE297584

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

T细胞在宿主抵御呼吸道病原体过程中发挥核心作用，但适应不良的T细胞反应可导致肺部疾病。明确人类肺部保护性与致病性T细胞反应的生物学特征，对于提出改善呼吸健康的新方法至关重要。既往研究通过支气管肺泡灌洗（BAL）、支气管内刷检或活检获取肺内T细胞并对其进行了研究。然而，这些不同方法是否捕获了不同的T细胞表型和/或克隆型仍不清楚。我们旨在评估并比较健康对照（HCs）和过敏性哮喘患者（AAs）中通过BAL与支气管内刷检分离的T细胞的转录特征。在比较支气管内刷检样本时，AAs与HCs之间T细胞亚群丰度最显著的差异是CD4 2型辅助性T（Th2）细胞的富集（OR=26.2，P=0.002），而检查BAL时则未见此差异（OR=1.7，P=0.46），表明BAL与气道黏膜标本处理所捕获的T细胞亚群存在差异。TCR repertoire分析显示，刷检T细胞含有显著扩增的TCR克隆。

从刷检样本中扩增出的T细胞克隆高表达驻留记忆标志物，提示气道黏膜中富集具有独特TCR特异性的TRM细胞。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。