Asthma BRIDGE项目哮喘表观基因组全分析数据集

该数据集来自Asthma BRIDGE项目,针对哮喘开展表观基因组全分析,覆盖全血与CD4+细胞类型的DNA甲基化检测,并比较哮喘患者与对照组之间的基因表达差异

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基因组分类GPL135349606
GSE294810: Epigenome-wide Analysis of Asthma from The Asthma BioRepository for Integrative Genomic Exploration (Asthma BRIDGE) Project

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-19

资源简介

Asthma BRIDGE项目哮喘表观基因组全分析数据集

GSE294810 数据集来自 Asthma BRIDGE 项目,围绕哮喘开展表观基因组全分析。该数据集对全血与 CD4+ 细胞类型的 DNA 甲基化进行了检测,并比较了哮喘患者与对照组之间的基因表达差异。数据集由 Raby,Benjamin A 提交,发布于 2025 年 4 月 16 日,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,本站归类为呼吸系统疾病 / 哮喘。数据集包含 1 个文件,样例文件为 GSE294810_series_matrix.txt.gz,主题标签涉及基因组覆盖阵列的甲基化谱分析、GPL13534 平台与物种编号 9606。

【数据集背景】

该数据集源自 Asthma BioRepository for Integrative Genomic Exploration(Asthma BRIDGE)项目,英文全称为 GSE294810: Epigenome-wide Analysis of Asthma from The Asthma BioRepository for Integrative Genomic Exploration (Asthma BRIDGE) Project。项目关注哮喘这一呼吸系统疾病,采用表观基因组全分析策略,从 DNA 甲基化层面考察哮喘相关的表观遗传特征,并结合基因表达比较,形成对哮喘患者与对照组之间差异的多层次观察。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,样例文件名为 GSE294810_series_matrix.txt.gz,为 GZIP 压缩格式的系列矩阵文件。数据覆盖全血与 CD4+ 细胞类型的 DNA 甲基化检测结果,并包含哮喘患者与对照组之间的基因表达比较信息。主题标签显示其采用基因组覆盖阵列进行甲基化谱分析,涉及 GPL13534 平台与物种编号 9606。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题与数据集英文名一致。作者为 Raby,Benjamin A,发布时间为 2025 年 4 月 16 日。源站描述说明,研究对全血和 CD4+ 细胞类型进行了 DNA 甲基化表观遗传分析,并比较了哮喘患者与对照组的基因表达。更具体的样本采集地点、时间与伦理审批信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于哮喘表观遗传学研究,尤其是围绕 DNA 甲基化与基因表达关联的分析;可用于比较哮喘患者与对照组在全血及 CD4+ 细胞类型中的甲基化谱差异,也可作为呼吸系统疾病表观基因组数据整合与复现研究的输入数据。具体分析设计细节,源站未提供。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE294810_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入,以避免因字段解析或编码不一致导致的分析偏差。

【质量与限制】

数据集仅含 1 个文件,样例为系列矩阵压缩包,未提供额外的原始数据文件或质控报告。样本量、批次信息、缺失值情况与质控指标,源站未提供。使用时应结合平台注释与数据自身字段进行核对。

【引用与许可】

作者为 Raby,Benjamin A,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov。数据许可条款与具体引用格式,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE294810

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对全血和CD4+细胞类型进行了DNA甲基化的表观遗传学分析。比较了哮喘患者与对照组之间的基因表达。

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