沉默TET1表达改变气道上皮细胞表观基因组景观并放大过敏原转录组反应

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE293178

标准获取流程：

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

既往研究已证实，TET1对屋尘螨（HDM）诱导的过敏性气道炎症具有保护作用。在人文气管上皮细胞（HBECs）中，TET1的转录响应HDM提取物，并调控与哮喘相关基因的表达。然而，TET1如何调控这些基因的表达尚不清楚。为此，我们检测了对照组和TET1敲低HBECs（经或未经HDM提取物处理）中的mRNA表达、DNA甲基化、染色质可及性及组蛋白修饰。通过对多组学数据的分析，我们发现单独TET1敲低与单独HDM处理的效果之间存在显著相似性，且均富集于哮喘相关基因和通路。一个尤为显著的模式是，TET1敲低和HDM处理通常导致许多相同基因组位点的染色质可及性降低。转录因子富集分析表明，TET1缺失后染色质可及性的改变可能影响CTCF和CEBP的结合，或受其影响。

对H3K27ac水平的分析及与现有数据集的比较表明，TET1可能对增强子活性产生影响。TET1缺失也导致DNA甲基化发生变化，但这些变化通常发生在可及性未发生改变的区域。最后，与对照细胞相比，在HDM刺激后，TET1敲低的HBEC细胞中观察到更显著的转录组变化。综上所述，我们的数据表明，TET1通过不同基因组区域中的不同机制调控气道上皮细胞的基因表达，限制对过敏原的转录组反应，并可能预防哮喘的发生。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。