哮喘患者单核细胞单细胞转录组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE288147

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：哮喘是全球儿童和青年中最常见的慢性肺部疾病。标准治疗仅部分有效且存在副作用。尽管有高效的新型生物制剂，约10%的患者仍控制不佳。方法：我们从一名接受干扰素γ激活的间充质基质细胞（γMSCs）输注的哮喘患者外周血中分离单核细胞，分别在输注前及输注后第15天和第35天采集。我们同样从其他患有哮喘的健康受试者和健康对照者中分离血液单核细胞用于比较。我们对单核细胞样本进行单细胞RNA测序，随后使用Seurat流程进行数据分析。结果：单次输注γMSCs可诱导循环单核细胞基因表达发生显著变化，包括HLA I类表达降低以及与1型和3型干扰素信号传导相关的基因表达降低。

对哮喘患者CD14+和CD16+单核细胞的进一步检查显示，与健康对照组相比，促炎基因表达更高，最显著的是干扰素反应通路基因表达增加。在哮喘患者中，重症与轻度哮喘相比，若干病毒和干扰素反应通路显著富集。解读：哮喘患者的循环单核细胞可能内在性地编程了失调的干扰素反应。针对单核细胞的治疗可能有益，尤其是对目前可用疗法控制不佳的患者。最后，我们的数据表明，有必要对控制不佳的哮喘患者进行γMSC治疗的进一步研究。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。