哮喘内型的潜在MicroRNA网络 [HuGene-1_0]
该数据可用于研究哮喘不同内型中的潜在MicroRNA网络,并支持基于全血表达谱的哮喘与对照分类分析(来源 NCBI)。源站首次发布:Jan 23 202
![GSE287879: Latent MicroRNA Networks in Asthma Endotypes [HuGene-1_0]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/146053.jpg)
基本信息
资源简介
哮喘内型的潜在MicroRNA网络 [HuGene-1_0]
GSE287879 是一个面向哮喘内型研究的基因表达谱数据集,英文全称为 Latent MicroRNA Networks in Asthma Endotypes [HuGene-1_0],在站内归入呼吸系统疾病 / 哮喘分类,来源为 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov)。该数据集围绕哮喘患者与对照人群的全血转录组分析展开,旨在为探索不同哮喘内型中潜在的 MicroRNA 网络提供表达谱层面的数据基础,同时支持基于全血表达特征的哮喘与对照分类研究。数据集由 Maria、Ramirez 提交,源站首次发布时间为 Jan 23 202,共包含 1 个数据文件,样例文件为 GSE287879_series_matrix.txt.gz,主题标签涉及 Expression profiling by array、GPL6244 与 9606,整体规模精简,适合作为哮喘分子分型与差异表达分析的辅助资源。
【数据集背景】
哮喘是一种异质性较强的呼吸系统疾病,不同患者在内型、炎症特征与分子机制上存在差异。该数据集以“哮喘内型中的潜在 MicroRNA 网络”为主题,试图从全血转录组层面刻画哮喘患者与对照之间的表达差异,并进一步关联潜在的小 RNA 调控网络。源站标题与数据集英文名一致,均强调 Latent MicroRNA Networks in Asthma Endotypes,说明其研究重心在于内型划分背景下的网络推断,而非单一标志物的验证。数据集所属分类为呼吸系统疾病 / 哮喘,主题标签中的 Expression profiling by array 表明其基于芯片表达谱技术,GPL6244 为平台标识,9606 对应人类物种标识。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件,样例文件名为 GSE287879_series_matrix.txt.gz,属于系列矩阵文件形式,通常承载样本层面的表达值矩阵及样本注释信息。源站描述指出,该数据来自哮喘受试者与对照者的全血转录组分析,因此数据内容的核心是全血样本的表达谱测量结果。主题标签显示其属于 Expression profiling by array,平台为 GPL6244,物种为人类(9606)。除上述信息外,源站未提供关于样本数量、分组构成、基因或探针数量、具体临床变量等更细粒度的内容。
【采集与来源】
数据来源于 NCBI,源站标题为 Latent MicroRNA Networks in Asthma Endotypes [HuGene-1_0],作者为 Maria、Ramirez,首次发布时间为 Jan 23 202。源站描述明确其研究对象为哮喘受试者与对照者的全血样本,采用转录组分析手段获取表达谱。数据集在站内被归类为呼吸系统疾病 / 哮喘,主题标签同时给出芯片表达谱类型、平台编号 GPL6244 与物种编号 9606。除这些来源与平台信息外,源站未提供采样地点、伦理审批、样本入组标准等采集细节。
【适用场景】
该数据集可用于研究哮喘不同内型中的潜在 MicroRNA 网络,并支持基于全血表达谱的哮喘与对照分类分析。具体而言,适合开展哮喘与对照之间的差异表达比较、内型相关的表达模式探索,以及以全血表达特征为基础的分类模型构建与验证。由于主题聚焦于潜在 MicroRNA 网络,也可作为网络推断或调控关系探索的输入数据。需要说明的是,上述适用方向均以源站描述与主题标签为依据,源站未提供针对特定分析流程的验证结论。
【使用方法】
使用时可先下载数据文件 GSE287879_series_matrix.txt.gz,该文件为 GZIP 压缩包格式,需按对应格式解压读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认样本注释、表达值列与平台信息无误后,再批量接入后续分析流程。由于数据集仅含 1 个文件,读取时应重点关注系列矩阵中的样本行与表达值矩阵的组织方式。源站未提供额外的预处理脚本、标准化参数或分析代码。
【质量与限制】
数据集规模较小,仅包含 1 个文件,样本量与分组细节源站未提供,难以在未核对文件内容前评估统计效力。数据基于芯片表达谱平台 GPL6244,其探针层面的测量特性与全血样本的混合细胞组成可能影响表达信号的解释,但源站未给出相关质控指标或批次信息。发布时间标注为 Jan 23 202,年份信息不完整。除此之外,源站未提供缺失值比例、标准化方法、重复样本处理等质量相关说明,使用时需自行核对文件内容。
【引用与许可】
数据集作者为 Maria、Ramirez,来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为 Latent MicroRNA Networks in Asthma Endotypes [HuGene-1_0]。引用时应依据源站提供的作者与标题信息进行标注。关于许可条款、使用限制与再分发条件,源站未提供。
下载信息
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需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE287879
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
哮喘受试者与对照者全血的转录组分析 2型炎症(T2)生物标志物的存在与否在临床上被用于识别T2高型和T2低型内型。尽管这些内型具有临床相关性,但T2低型哮喘的分子机制仍知之甚少。特定微小RNA可能调控与哮喘内型相关的转录组网络。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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