鼻病毒通过差异参与上皮先天免疫信号触发不同宿主反应 [scRNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE286901

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

鼻病毒（RV）是普通感冒最常见的病因，但也是高危人群（如吸烟者和哮喘患者）严重呼吸道疾病的主要原因。导致感染结局差异的分子机制尚未完全明了。宿主上皮干扰素反应的变异被认为与RV疾病的易感性有关。我们在IRF3激活抑制剂BX795存在的情况下，对气液界面（ALI）培养的人鼻上皮细胞（HNECs）进行了单细胞测序，并感染了HRV-01A。我们发现，上皮干扰素反应将RV感染限制在<2%的细胞中，然而，抑制IRF3激活使感染细胞的比例增加至>30%，并导致一种独特的NFKB依赖性促炎反应，产生中性粒细胞趋化因子、黏液增加以及IL-1b。批量RNA测序进一步揭示，同时抑制IRF3和NFKB可诱导内质网应激和鳞状化生相关基因。总体而言，我们的研究展示了不同形式的上皮防御反应如何影响RV诱导的炎症。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。