空气污染颗粒物发育期暴露加重雌性成年子代哮喘严重程度并改变RNA转录组与DNA甲基化[RNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE285128

标准获取流程：

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数据说明

母亲暴露于颗粒物空气污染会增加后代哮喘的发病率和严重程度，但其机制尚不清楚。已知的易感基因座仅是该效应的一小部分。我们研究了一种小鼠过敏性气道疾病模型，以评估母亲空气污染暴露与后代哮喘样反应之间的表观遗传关联。母亲空气污染暴露增加了成年后代的过敏性气道疾病严重程度，并与对过敏原的转录组反应受抑制相关。对照组后代在包括SMAD和TGFβR通路在内的若干重要通路中有2842个基因的差异表达，而空气污染物暴露后代中差异表达基因减少了80%，且许多通路关联被消除。过敏原激发后的全基因组CpG甲基化组分析检测到全基因组范围内的差异甲基化区域。约20%的差异表达基因与差异甲基化相关。

在暴露于空气污染的母亲所生育的后代中，差异甲基化区域显著减少，这在基因内含子区域和某些类型的转座元件中最为明显。本研究表明，暴露于PM2.5的母亲所生育的成年后代在过敏性气道疾病中表现出明显受抑的转录组反应，其中一部分与肺部甲基化组中可识别的变化相关。这些结果提示，表观遗传因素对暴露于颗粒物空气污染的母亲所生育后代的哮喘严重程度具有贡献。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。