过敏性哮喘致病性Th2细胞调控程序的单细胞图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE280390

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   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
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     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

肺致病性2型辅助性T细胞（pTh2细胞）是过敏性哮喘的重要驱动因素，但其调控机制与异质性等基本问题仍未明确。免疫细胞的分化与效应功能受到表观遗传过程的严格调控。组蛋白去乙酰化酶1（HDAC1）是T细胞的重要表观遗传调控因子，但其在pTh2细胞中的作用尚待确定。本研究通过在存在和缺失HDAC1功能的情况下，对屋尘螨激发的小鼠进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），探讨过敏性哮喘中的免疫调控。我们的分析揭示了两个不同的肺pTh2细胞亚群：致病性效应Th2（peTh2）细胞和致病性Th2组织驻留记忆（Th2 Trm）细胞。两个pTh2细胞亚群均高度促炎，并且与其他肺Th亚群相比表现出不同的转录和表型特征。基于我们的scRNA-seq分析，我们确定了体外生成pTh2细胞的条件，并证实这些体外生成的pTh2细胞与肺peTh2细胞具有相似的转录谱。

利用我们的新型体外模型，我们证明了p38丝裂原活化蛋白激酶通路对于pTh2细胞中白细胞介素-5（IL-5）和IL-13的表达至关重要。我们的数据进一步强调了HDAC1在限制肺及体外pTh2细胞致病性以及肺Th2 Trm细胞形成中的重要性。总之，我们对pTh2细胞生物学产生了新的见解，并建立了一种新的体外模型来研究pTh2细胞，该模型将有助于发现pTh2介导的过敏性哮喘所涉及的分子机制。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。