健康与哮喘肺支气管内膜活检的Xenium原位基因表达数据集
该数据集来自NCBI,标题为健康与哮喘肺支气管内膜活检的Xenium原位基因表达。研究应用Xenium(10X Genomics)单细胞空间转录组技术,覆盖健康供者、接受抗炎治疗的哮喘患者及历史临床试验样本,用于揭示肺壁细胞与分子的空间景观

基本信息
资源简介
健康与哮喘肺支气管内膜活检的Xenium原位基因表达数据集
GSE269354 数据集来自 NCBI,标题为“健康与哮喘肺支气管内膜活检的 Xenium 原位基因表达”。该数据集归类于呼吸系统疾病 / 哮喘方向,研究应用 Xenium(10X Genomics)单细胞空间转录组技术,对健康供者、接受抗炎治疗的哮喘患者以及历史临床试验样本的肺支气管内膜活检组织进行原位基因表达检测,旨在揭示肺壁的细胞与分子空间景观。数据集包含 1 个文件,样例文件为 GSE269354_series_matrix.txt.gz,作者为 Régis、Joulia,发布时间为 Jun 07 202,主题标签涉及 Other、GPL33762 与 9606。以下依据可获得的信息对该数据集作分段介绍。
【数据集背景】
哮喘是一种常见的呼吸系统疾病,其气道壁内多种细胞类型与分子过程的空间组织方式对理解疾病机制具有重要意义。传统转录组方法往往丢失组织空间位置信息,而原位空间转录组技术能够在保留组织形态结构的前提下检测基因表达。该数据集正是围绕健康与哮喘肺支气管内膜活检样本,采用 Xenium 平台开展单细胞空间转录组研究,覆盖健康供者、正在接受抗炎治疗的哮喘患者以及历史临床试验样本,为比较不同临床状态下肺壁的空间分子特征提供数据基础。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件,样例文件名为 GSE269354_series_matrix.txt.gz,属于系列矩阵形式的表达数据文件。主题标签包括 Other、GPL33762 和 9606,其中 GPL33762 指向所使用的平台记录,9606 对应人类物种标识。数据内容围绕健康与哮喘肺支气管内膜活检样本的 Xenium 原位基因表达结果展开,具体基因数量、样本数量、细胞数目等细节源站未提供。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题与数据集英文名一致,均为“Xenium In Situ Gene Expression of healthy and asthmatic lung endobronchial biopsies”。研究采用 Xenium(10X Genomics)单细胞空间转录组技术,对健康供者、接受抗炎治疗的哮喘患者及历史临床试验样本的肺支气管内膜活检组织进行检测。作者为 Régis、Joulia,发布时间为 Jun 07 202。样本采集地点、伦理审批信息及临床试验注册信息源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于呼吸系统疾病尤其是哮喘方向的空间转录组研究,可用于探索健康与哮喘状态下肺壁细胞与分子的空间分布差异,比较接受抗炎治疗的哮喘患者与健康供者之间的原位基因表达特征,也可为历史临床试验样本的空间分子再分析提供数据支持。对于研究气道壁微环境、细胞邻域关系以及疾病相关基因空间表达模式的分析工作,该数据集具有潜在应用价值。具体分析用途需结合数据实际内容确定,源站未提供更详细的适用说明。
【使用方法】
使用时可下载数据文件 GSE269354_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入分析流程。由于该文件为系列矩阵形式,读取后应检查样本标识、基因标识与表达值等字段的组织方式,确保解析正确。源站未提供配套的分析代码、注释文件或具体读取示例。
【质量与限制】
数据集仅包含 1 个文件,样例为系列矩阵压缩包,源站未提供质控指标、缺失值情况、批次信息或技术重复等质量相关细节。样本量、基因覆盖范围、空间分辨率等关键参数源站未提供。使用时应注意该数据覆盖健康供者、抗炎治疗哮喘患者及历史临床试验样本,不同来源样本之间可能存在批次差异,需在分析中加以考虑。源站未提供明确的质量评估结论。
【引用与许可】
作者为 Régis、Joulia,发布时间为 Jun 07 202。数据来源于 NCBI,具体许可条款、使用限制及推荐引用格式源站未提供。使用该数据集时应遵循 NCBI 及数据提供方的相关要求,引用时建议注明数据集编号 GSE269354 及源站标题。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE269354
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们应用单细胞空间转录组学(Xenium,10X Genomics)技术,揭示了健康供体、接受抗炎治疗的哮喘患者以及历史临床试验样本中的肺壁景观。
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