哮喘中与2型嗜酸性炎症相关的支气管上皮基因鉴定

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE264325

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

气道炎症在哮喘的发病机制和病理生理学中具有关键作用。然而，导致气道炎症的分子通路尚未完全明确，尤其是以嗜酸性粒细胞增多和FeNO水平升高为特征的2型（T2）炎症。本研究旨在识别上皮刷检样本中表达水平与支气管肺泡灌洗液（BAL）嗜酸性粒细胞增多及FeNO生成均相关的基因。我们对哮喘受试者采用分段过敏原支气管激发（SBP-Ag）程序，并对SBP-Ag前及后48小时的BAL细胞和刷检样本进行RNA测序（RNA-seq）分析。过敏原支气管激发使FeNO水平升高，且该升高与嗜酸性粒细胞增多相关，而与中性粒细胞增多无关。我们在刷检样本中识别出13个基因，其表达在SBP-Ag后发生变化，并与SBP-Ag后气道嗜酸性粒细胞增多及FeNO水平均相关。在这13个基因中，上皮细胞产物CDH26是参与放大T2炎症的候选基因——这一点由嗜酸性粒细胞增多和FeNO所反映，并得到BAL液中促T2及促嗜酸性粒细胞细胞因子介质的因果中介分析的支持。

在与嗜酸性粒细胞减少和FeNO降低相关的基因中，HEY2已知能增强细胞增殖、迁移、侵袭和EMT，并减少细胞凋亡。这项在过敏性哮喘受试者中进行的无偏RNA-seq分析揭示了几个可能对哮喘中T2炎症的发生或加剧至关重要的上皮细胞基因，尤其是CDH26。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。