纤维化应激暴露小鼠肺的空间分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE264128

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

急性炎症性加重（AIE）代表由免疫驱动的多种慢性肺部疾病的恶化，包括COPD、哮喘和肺纤维化（PF）。一线治疗为广谱免疫调节。为更好地研究AIE-PF期间免疫细胞的异质性，本研究利用了一个临床相关的炎症性加重模型，该模型由肺泡上皮2型细胞表面活性蛋白C基因突变[SP-CI73T]触发。SP-CI73T小鼠接受玉米油（对照）或他莫昔芬（175 mg/kg，口服）以切除置于表面活性蛋白C基因位点上的新霉素抗性盒，从而诱导突变转录本的表达。我们此前已表明，在他莫昔芬给药后14天会出现复杂的炎症反应。因此，收集对照组和诱导后14天的小鼠肺石蜡切片。进行DNA、CD45、CD68免疫荧光染色，以识别肺内健康区域、损伤周围区域和损伤区域中的巨噬细胞（CD45+CD68+）和非免疫（“其他”，DNA+CD45-）细胞。共选取12个区域（大小为680μm×700μm），并分离出巨噬细胞和“其他”细胞。

随后进行了RNA测序。主成分分析和通路分析揭示了空间异质性，损伤周围区域呈现过度活跃状态（细胞外基质重塑、先天性和适应性免疫、衰老）。从肺部损伤区域分离出的细胞则相对静止。这些结果说明了在纤维化应激期间，肺部免疫细胞和非免疫细胞存在区域异质性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。