非洲裔人群鼻上皮多组学揭示哮喘风险三个失调轴 [DNA甲基化]

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE250513

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数据说明

背景：哮喘是一种影响气道的复杂慢性肺部疾病，在不同祖先群体之间存在显著差异，但这些差异的分子基础尚不清楚，研究也极为有限。美洲非洲裔人群哮喘联盟（CAAPA）的主要目标是了解鼻上皮中哮喘风险的多组学特征，重点关注非洲裔人群。方法：使用Illumina的Infinium MethylationEPIC array®对来自美国4个招募中心（巴尔的摩、芝加哥、丹佛和华盛顿特区）的331名受试者（N=149例哮喘病例，N=182名从未患哮喘的对照）的鼻气道上皮细胞基因组DNA进行DNA甲基化（DNAm）定量。我们对差异表达基因（DEGs）进行了关联分析，以识别eQTM（CpG-基因关联），限制条件为CpG距转录起始位点≤5kb或位于通过支气管上皮细胞启动子捕获HiC鉴定的增强子区域内。对来自显著eQTM（p<0.05）的CpG进行了哮喘差异甲基化（DMCs）检验，以评估表达和甲基化在哮喘风险中的相对贡献。

所有模型均完全校正了祖先背景、采样部位及相应的潜在因子。结果：多组学分析确定FKBP5是哮喘风险的关键贡献因子，其中鼻上皮基因表达之间的关联可能受甲基化调控，并与吸入性糖皮质激素使用增加相关。FKBP5是糖皮质激素受体信号传导的共伴侣蛋白，已知参与哮喘的药物反应。解读：我们的分析揭示了CAAPA中非洲裔现患哮喘病例鼻上皮差异表达的哮喘相关基因和网络。重要的是，这项工作揭示了三个轴上的分子失调——Th2炎症增加、伤口愈合能力下降和药物反应受损——这可能发挥关键

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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