过敏性炎症中TREM-1+与TREM-1-气道嗜酸性粒细胞的转录分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE246389

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

髓系细胞触发受体1（TREM-1）是一种固有免疫受体，经典功能是放大中性粒细胞和单核细胞中的炎症信号，在调控肺部炎症中发挥核心作用。利用小鼠哮喘模型，流式细胞术揭示了在过敏性气道炎症期间肺组织和气道中存在TREM-1+嗜酸性粒细胞。TREM-1的表达局限于募集而来的炎症性嗜酸性粒细胞。通过与IL-33、LPS或GM-CSF孵育，可在骨髓来源的嗜酸性粒细胞上诱导TREM-1的表达。与TREM-1-气道嗜酸性粒细胞相比，TREM-1+嗜酸性粒细胞富集了促炎基因集，包括迁移、呼吸爆发和细胞因子产生。出乎意料的是，嗜酸性粒细胞特异性敲除TREM-1增加了气道IL-5水平和肺组织嗜酸性粒细胞积聚。对转录数据的进一步研究显示，凋亡相关基因集在TREM-1+嗜酸性粒细胞中富集。Annexin V染色表明，在炎症气道中，TREM-1+嗜酸性粒细胞的凋亡率高于TREM-1-嗜酸性粒细胞。在体外，Trem1/3-/-嗜酸性粒细胞受到保护，免于凋亡。

最后，用二苯基碘鎓抑制活性氧的产生，对WT骨髓来源嗜酸性粒细胞的抗凋亡保护作用强于Trem1/3-/-嗜酸性粒细胞，提示超氧化物是WT细胞凋亡较多的原因。这些数据首次证明了嗜酸性粒细胞在蛋白水平表达TREM-1，界定了一个TREM-1+炎症性嗜酸性粒细胞群体，并揭示嗜酸性粒细胞的TREM-1限制了2型肺部炎症的关键特征。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。