深度肺细胞图谱：细胞因子介导的人气道上皮罕见祖细胞谱系转换：体外ALI数据

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE240168

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数据说明

人呼吸道上皮包含与呼吸系统疾病相关的特化稀有细胞，包括离子细胞和簇细胞。离子细胞表达囊性纤维化跨膜传导调节因子（CFTR），而化学感觉簇细胞表达与哮喘相关的警报素。令人惊讶的是，在人肺细胞图谱中发现的成熟簇细胞极少。为了能够识别稀有肺细胞并确定其谱系特化，我们对因不适合移植而废弃的整个肺的大、小气道进行了仔细的解剖学采样，生成了包含311，748个细胞图谱的深度肺细胞图谱。与既往报道相反，离子细胞在大、小气道中的数量相似，提示它们可能同时参与CF大、小气道的病理过程，这一发现对基因治疗具有重要意义。我们还在一名死于哮喘急性发作的患者中鉴定出了成熟簇细胞。

计算分析鉴定出稀有的双潜能Tuft-离子细胞祖细胞（TIP细胞），其在大气道中处于周期中的细胞比例与基底细胞相当/更高（18% vs 11%），并预测其根据气道信号环境可分化为Tuft细胞或离子细胞。利用优化的体外系统，我们发现TIP细胞分化的默认途径产生离子细胞，但在Type 2和Type 17细胞因子存在下，TIP细胞被转向分化为Tuft细胞。利用scRNAseq和scATACseq，我们进一步预测了标记这些稀有细胞谱系的转录因子和中间细胞状态。总体而言，我们的发现表明，以哮喘和CF为特征的免疫信号通路可能改变疾病相关稀有细胞的组成，并展示了需要深度图谱来识别疾病相关但稀少的细胞，并将其与驱动病理的分子机制联系起来。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。